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如何进行GEO临床数据查询

推荐两个可以进行GEO临床数据下载的网址

乔治敦癌症数据库(G-DOC)(https://gdoc.georgetown.edu/gdoc/),G-DOC是一个精准医学平台,其中包含来自一万多个患者和细胞系的分子和临床数据,以及用于分析和数据可视化的工具。该平台可对多种数据类型进行综合分析,以了解疾病机理。

Tips:目前该网站不能进行非乔治大学的注册,所以,大家可以去某宝自行寻觅账号~

LOGpc数据库(http://bioinfo.henu.edu.cn/DatabaseList.jsp )同样整理归纳了TCGA和GEO的数据,不能下载,可以选择对应的GEO数据集对单基因进行生存分析,包括多种分析方式OS,DFI,DSS,PFI,以及TNM分期,是否有合并症等信息。自己可以根据网站显示的GEO序列号在GEO数据库里搜寻,自行下载对应的临床资料。

我们以TP53为例,进行演示

点击出图

如果大家还有什么好的数据库工具,欢迎在下方留言~

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