清朝末年，清政府派左宗棠率军收复新疆，左宗棠对西征的清军做出了严格的纪律要求，要求他们做“王者之师”，“以王土、王民为念”，“只打真贼，不扰平民”。
根据左宗棠的指示，西征军每收复一地，就在当地设立善后局，以重建当地经济并稳定政局。同时，它还兼管当地的民政、司法、税赋等事物，已经在实际上行使着地方政府的职能了。随着新疆全境的光复，尽早建立全疆范围内的有效统治显得愈发必要。
其实早在1820年，那位疾呼“我劝天公重抖擞，不拘一格降人才”的著名学者龚自珍，就已经著文《西域置行省议》，提出了在新疆全境建立行省、全面推行郡县制的主张。
当时新疆的行政管理制度——伯克制度还存在，因此，龚自珍要求清政府从上而下地限制和消弱王公伯克等封建领主的势力，为郡县制实施准备条件。可惜的是龚自珍的建议没有被清政府所采纳，他的新疆建省主张，就此沉睡了半个多世纪。
直到新疆形势发生了重大改变，经过沙俄蚕食、阿古柏匪帮叛乱，左宗棠率清军光复新疆后，是否建省的议案又才提上清廷议事日程。
新疆建省由于涉及清政府在新疆统治制度的重大改革，事关大局，因此清廷也犹豫不决。1878年，清廷询问左宗棠新疆建省的可行性，令左宗棠“寻一可进可退之计”。
左宗棠就此上奏指出，在新疆设军府，只管军不管民的办法已经行不通了，况且南疆各地已经建立起了善后局，正在行使管理民政的职权，“是南北开设行省，天时人事，均有可乘之机。”
左宗棠指出，新疆刚刚收复，民心思定，此时建省，有利于稳定社会和恢复生产；此时建省，西征数万将士驻防各地，有利于巩固建省后的边防；新疆旧制荡然，而百废待兴，恰为施行建省的新制提供了机会；边疆建省，与内陆统一，有利于祖国统一和杜绝外敌窥伺之心等等。
左宗棠还恳切地说：“臣亦知改省之初事繁费巨，业已移督江南，诸事自有主者。而身居江表，心系西陲，刍荛之言，终难自默。”一片热忱之心溢于言表。
清政府最终同意了左宗棠的意见，光绪十年（1881年），左宗棠的部下、收复新疆主要的将领刘锦棠提出了新疆建省的具体方案：省会设于迪化城（即乌鲁木齐），省会设巡抚一名，下设三道：镇迪道，阿克苏道，喀什葛尔道、道以下各设府、厅、州、县。伊犁仍设将军，不再总揽全疆军务，仅管伊犁及塔城边防。
清政府接受了刘锦棠的方案，1882年12月24日正式批准执行。1884年，刘锦棠出任新疆第一任巡抚，标志着新疆省的正式成立。
1884年的新疆建省，进一步削弱了地方封建割据势力，实现了新疆与国内其它各省行政制度的统一。以前，新疆的王公伯克暗中扩充势力，时机成熟时，便对抗中央，是清廷的心腹大患。
现在，阿古柏被驱逐，伯克势力也衰落之际，清政府把民政事务牢牢地掌握在手中，并通过建省，将它用立法的程序完全确定下来。
我国历代朝廷用兵西北，主要目的只是平乱，而平乱之后很少去彻底的改造西北。当初唐太宗被拥为“天可汗”，这只是一种万王之王的荣誉而已，而真正到了翻脸时，你是你，我是我，谁也管不着谁。
这种上千年未解决的问题，直到此时的新疆建省，设立郡县，一切政治经济制度完全同内陆各省相同才得以解决。可以这么说，光复新疆并建省，是晚清政权给世人留下少有的亮点之一。
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