关于教育内容，严复提倡西学、外语与旧学并重并举。教育内容总是在教育目的这个指挥棒指引下选择的结果。救亡图存，需要引进西学，这个西学包括科学和自由民主，自由民主的价值观念存在于西方的人文社会科学之中。严复认为要原汁原味地学习西学，必须精通西文。
为纠传统教育舍士无学、学古入官之弊，严复主张“农工商各业之中，莫不有专门之学”，强调推广实业教育，即推行近代科学和工商管理。其主要内容在1906年于上海商部高等实业学校的演讲《实业教育》有详细表述：实业教育矫正科举教育，消除科举教育留下的后遗症；实业教育贵在培养职业自豪感，乐业奉献的精神。要让学生认识到实业救国的意义；实业是干实事的，所以实业教育贵在实践；求精勤，求坚毅忍耐，所以要求筋骨强健，因此更应注重体育。
甲午战争失败后，严复十分激愤，教育思想有全盘西化的倾向，对中国传统教育内容多有贬斥。戊戌变法失败后，严复的激进思想有所改变，对中国旧学有了更多的温情和敬意，提出“统新故而视其通，苞中外而计其全”。
民国后严复进一步回归传统，发表演说《读经当积极提倡》，又向参政院提相关提案。然而，严复的旧学，非食古不化的旧学，而是西学视野观照之下的旧学——“自他之耀，回照故林”，是用新法教学的旧学。
严复受斯宾塞的影响，遵从天演进化规律，提倡自然教育的教育方法。自然教育方法实际是一种注重实证的科学方法，注重自我教育和自我发展，即自得。学生自得并不意味着教师不用作为，启发与引导要求教师有更高的能力。
学生个性和天资各异，不同年龄段也各有特征和演进规律，严复在《美术通诠》案语中称：“天之所赋各殊……必即所优之天分而培之。”严复与斯宾塞一样都反对死记硬背，鼓励学生独立思考，求异创新。
作为首任北京大学校长，严复的办学目标是向世界一流大学看齐，意识到在当时难以企及，但心存梦想。在办学方针上他主张尊重多样，兼收并蓄，广纳众流，开启蔡元培办学思想之先河。严复主张的北京大学课程设置，体现了办学思想的开放性：“大学文科，东西方哲学、中外之历史、舆地、文学，理宜兼收并蓄，广纳众流，以成其大。须所招学生于西文根柢深厚，于中文亦无鄙夷，先训之思，如是兼治，始能有益。”
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