与上汽分道扬镳后，奇瑞表面上失去了大集团企业的支持，实际上却发展的更加迅猛。2003年3月1日，奇瑞第10万台轿车下线。此后，奇瑞推出了经过改进的风云二代系列轿车。此次奇瑞将风云系列车型根据市场需求进行了整合，并按照配置不同分为基本型、舒适型、豪华型与加长型，让奇瑞风云的消费者有了更多选择。
与此同时，了解发动机重要性的奇瑞在2002-2003年期间委托奥地利AVL公司设计了从0.8-4.2L排量的多达18款发动机，并准备结合发动机特性进行新一轮的车型研发，如果一切顺利，那么2003年将是奇瑞从翻身做主到走向辉煌的关键一年。事实证明，奇瑞的确做到了。
同年5月31日，堪称奇瑞“开国元勋”的经典车型QQ上市，一经上市便凭借圆润可爱的造型、经济实惠的价格吸引了众多国内年轻消费者的眼球。奇瑞在设计之初便将其定位为“年轻人的第一辆车”，并以“快乐”为主题，不但尽量让这台车造型变得新颖可爱，还将价格压低，定位于当时国内汽车市场的“蓝海”。
此后奇瑞还推出了一款搭载0.8L排量发动机的QQ车型，而它搭载的正是此前奇瑞与奥地利AVL公司合作研发的那款0.8L直列三缸发动机。当时国内汽车市场还并不成熟，几大品牌车型售价往往非常贵，是少数有钱人手中的“奢侈品”，这让许多工作时间不长，又迫切想成为有车一族的年轻人望而却步。奇瑞QQ的出现则彻底改变了这一现象，将汽车的售价拉下神坛，让汽车成为了普通老百姓都能消费起的产品。奇瑞QQ的热销也从一个重要层面证实了这个观点，2005年QQ平均月销量突破1万台，这在几年前是奇瑞想都不敢想的。
然而随着惊人销量而来的不仅有喜悦，还有麻烦。2005年，奇瑞被通用汽车集团以侵权为由告上法庭，通用汽车集团称奇瑞QQ与该集团旗下大宇Matiz(即雪佛兰SPARK）车型在外观、内饰及机械结构等方面有着大量雷同之处，存在非常严重的侵权行为，要求奇瑞汽车公司停止销售QQ车型，并对通用汽车集团进行赔偿。最终这件事在多方斡旋之下以和解而告终，奇瑞逃过了“侵权”的麻烦。
或许是看到了大众汽车集团同平台战略的优势，奇瑞在2003年依靠打造风云系列轿车的西雅特TOLEDO生产线开发出了一款名为奇瑞旗云的新车型。由于出自同一平台，因此这台旗云与风云在造型与技术方面都非常接近，只是定位及售价略低于风云。
同样是在2003年，奇瑞还推出了一款名为东方之子的中级车，它的定位略高于风云、旗云车型，其实从东方之子宽大的车身以及简洁明快的线条中我们便不难发现，这款车型在定位提升的同时还融入了更多的商务元素，尺寸很大的不规则大灯以及镀铬的横条状中网都在与人们印象中商务车的形象相贴近。
此后奇瑞还在这款车的基础上推出了东方之子Cross休闲旅行车，它同步了第二代东方之子的外观设计，人们关注这台车的大部分因素都是来自于这个“Cross”的概念，奇瑞称Cross代表着一种综合了多种车型特点的跨界车，集轿车、SUV与MPV等车型的优点于一身，旨在满足不同消费者的需求。只不过奇瑞的这一概念并没有得到市场的充分认可，东方之子Cross也在上市几年后停产。
后期，奇瑞还在新概念车潮流的引领下推出了东方之子Cross的改款车型V5，首批上市的奇瑞V525共有精英版与华贵版两种车型可供选择。为了更好的宣传产品，奇瑞为这台车冠以“中国首款酷越车”的称号，并称它的外观由世界著名设计师参与设计；底盘由英国路特斯汽车公司进行调校；而整车操控性则交给了意大利公司，当年奇瑞V5上市时瞄准的竞争对手是本田奥德赛。
时间调回至2004年3月22日，经过13项改进的风云四代轿车上市，奇瑞官方称风云四代上市为“四跃行动”，除了暗指即将到来的四月外，还指出新一代风云在发动机核心技术、价格、质保周期以及保养费用方面实现了四大飞跃，帮助消费者进一步降低购车、用车费用。至此，奇瑞在几年内成功完成了进化与蜕变，不但丰富了产品线、拓宽了销路，还实现了销量上的辉煌，可以说，2003年是奇瑞发展历程中至关重要的一年，而奇瑞也在这一年中把握住了机会，一举占领了自主品牌在国内市场的高地。
当时国内汽车市场已经开始逐步成熟，各大合资企业纷纷推出各自的拳头产品抢占市场，并且由于本田CR-V、丰田RAV4等车型的引入，国内掀起了一股城市SUV的浪潮。尹同跃和他的团队正是看到了SUV市场的巨大潜力，计划迅速推出一款城市型SUV，奇瑞为它取了一个霸气中又带着吉祥的名字：瑞虎。奇瑞在2005年成功完成了从微车到SUV的跨越，引领了自主品牌在SUV领域的发展。
在SUV市场铩羽而归，奇瑞开始思考如何才能改变目前产品在市场上不温不火的局面，这次奇瑞将目光锁定在了车型命名方式上。或许是因为原来的命名方式太过“老土”，奇瑞在2006年决定启用新的命名方式，宣布以后对旗下产品全部以数字序号命名，并逐渐取消以往中英文皆有的命名方式，第一款以新编码体系命名的车型便是奇瑞A5系轿车。以奇瑞A520为例，A代表这款车出自奇瑞A级车平台，5则表示了这台车在这个系列车型中的级别，“20”代表的则是这台车的发动机排量为2.0L。
与此同时，采用最新命名规则的奇瑞A5系列轿车也正式上市，2006年1月10日上市的首发车型定下了88888元的标杆售价，如此低廉的价格不仅让汽车行业的同行们头疼，就连尹同跃自己都说车卖的这样便宜，自己很“痛心”。与当年奇瑞风云类似，奇瑞A520问世的目的便是对当时市场上10-15万级别的合资车型形成强烈的冲击，而当时这个级别的主导车型便是“新三样”伊兰特、凯越和福美来。
虽然奇瑞A520的定价不高、配置不低，但它的销量依然平平，与新三样有着不小的差距，究其原因可能与奇瑞一直以来给消费者留下低端、廉价的品牌形象有关，然而这种固有形象很难简单通过几款产品便得到改变，奇瑞只能控制成本并继续降低车型售价。这也就形成了自主品牌中非常常见的恶性循环，越控制成本，造出来的车就越廉价、越难得到消费者认可，低端的品牌形象也就更进一步留在了消费者心目中。
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