锁龙井的传说源自禹王锁蛟龙的神话，但龙和蛟在神话体系中并非同种，也不会被锁住。一种科学猜想认为，锁龙井实际上是一处暗河，由于井深和暗河内水压大、流动急促，水可能会从井中喷涌出导致洪水。古代人民通过放入长铁链来防止水患，改善水底水压，使锁龙井变得“乖巧听话”，但因不了解真相，误认为铁链是用来镇压恶龙的。后代人们通过实践验证得到了铁链上移、水压不稳造成的各类怪现象，更加相信了这个玄幻传说。