在史学方面，吴氏教学侧重于实际音乐的史学研究层面。自七十年代末起，吴氏致力于明代琴谱《神奇秘谱》的研究，在挖掘、整理、用打谱来重建中国古代音乐的实际音响方面独树一帜。由他打谱并经他演奏后重新被赋予生命力的古代作品有：《幽兰》、《樵歌》、《离骚》、《秋鸿》、《大胡笳》、《小胡笳》、《列子御风》、《关雎》等数十首，此项研究现被列为文化部重点科研项目。在民族音乐学的教学和研究方面：吴氏采用中西融通之实证方法，揭示中国传统音乐（尤其是古琴音乐）的深层结构和微观体系。诸如，音乐不只是乐音的运动，同时也包括运动的乐音；左手揉滑弦时的运动方向、幅度、强弱及在音乐进行中的各种组合，这些表面看来属于音乐形态学的问题正是琴乐表现的力的结构的具体体现，是演奏者情感的真实记录等；他主张尊重古琴演奏者演奏的现时心理时值，并运用拍速变化的理论进行记谱，这在理论上为长期困惑琴界因记谱不能反映实际演奏的状况提供了某种解决方法。这方面的著作与文章有：《中国音乐现象的美学探索》、《吴景略的古琴音乐》（英文）、《论古琴情感形象的生理记录法》、《<碣石调·幽兰>研究》、《琴调》、《打谱探赜》等。
在古琴教学方面，吴氏的古琴演奏师承吴景略开创的以气韵见长的虞山吴派，以表现自然之趣和擅长心理描写为追求，在深厚的传统文化底蕴与专业音乐基础训练及长期的生活磨练中，形成了新时代的文人行吟风格，把古琴的表现技术和美学理论向前推进了一步。他早期录制的唱片《潇湘水云》曾获得中国唱片社（现为中国唱片公司）金唱片奖（1949-1989）。灌制的激光唱片专辑有：《流水》、《阳春》、《古琴大师吴文光》、《琴统搴英》、《列子御风》等，包括了四十多首曲目；并出版有其父子两代人的打谱作品《虞山吴氏琴谱》作为古琴教材。针对当前的多元音乐文化语境，在强大的西方话语形式中国化之思潮中，吴氏力主传统话语形式的当代化，将中国传统文化基因导向现当代，从而恢复民族音乐的话语权。
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