在过去的十年中,大规模平行 DNA 测序和计算生物学的进步使人们对几乎所有主要癌症类型的基本突变过程有了前所未有的洞察力。两个主要的癌症基因组学联盟——癌症基因组图谱 (TCGA) 和国际癌症基因组联盟 (ICGC)——已经生成了丰富的突变、病理和临床数据数据库,可以通过基于网络的门户网站进行挖掘,从而进行相关研究和在强大的患者队列上测试新假设。
在本章中,我们将回顾这些技术发展对了解促进前列腺癌发生、进展、转移和临床侵袭的分子亚型的影响。特别是,我们将专注于定义临床相关患者队列的分子亚型,并评估更好地理解这些亚型(在体细胞和生殖系基因组中)如何影响被诊断患有前列腺癌的个体男性的临床过程。
参考 | 测序的全基因组的数量和类型 | 重大意义 |
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伯杰等人[ 8 ] | 7种原发性高危肿瘤 | 首次对局部前列腺癌进行全基因组测序。闭环链重排的识别 |
巴卡等人[ 24 ] | 55 个原发性肿瘤,2 个神经内分泌转移瘤 | 表征前列腺癌结构变异的时间变化(“chromoplexy”) |
Weischenfeldt 等人[ 26 ] | 11 个早发性原发性肿瘤 7 个老年性原发性肿瘤 | 50岁以下男性前列腺癌中富含雄激素依赖性结构变异 |
癌症基因组图谱研究网络 [ 16 ] | 19个原发性肿瘤 | 局限性前列腺癌的分子亚类 |
布特罗斯等人[ 57 ] | 来自 5 个原发性肿瘤的 23 个恶性病灶 | 局限性前列腺癌的空间异质性 |
库珀等人[ 89 ] | 来自 3 个原发性肿瘤的 12 个恶性病灶 | 局限性前列腺癌的时空异质性。形态正常前列腺上皮异常的鉴定 |
弗雷泽等人[ 25 ] | 200 种中等风险原发性肿瘤 | 迄今为止最大的前列腺癌全基因组研究。识别与不良临床结果相关的反复驱动畸变 |
泰勒等人[ 65 ] | 来自 14 个种系BRCA2突变携带者 的 19 个病灶 | BRCA2突变携带者 的肿瘤基因组与去势抵抗性转移性疾病的基因组非常相似。MED12/MED12L 通路作为临床攻击的驱动因素 |
卡马乔等人[ 131 ] | 103 原发肿瘤 | 评估体细胞全基因组拷贝数异常和拷贝数丢失机制 |
任等人[ 38 ] | 来自中国男性的 65 例原发性肿瘤 | 中国前列腺癌中TMPRSS2:ERG融合的 低频率。鉴定新的肿瘤抑制基因 |
埃斯皮里图等人[ 56 ] | 93 种中等风险原发性肿瘤 | 前列腺癌的时间演变分析。开发具有克隆性意识的不良临床结果的多模式生物标志物 |
楔形等[ 37 ] | 87 个原发肿瘤,20 个转移灶 | 前列腺癌的时间演变。确定局部疾病中潜在的药物靶点 |
苏等人[ 132 ] | 来自 2 个原发性肿瘤的 17 个细胞核 | 前列腺癌单核全基因组测序的首次报道。同一腺体内显着的空间异质性 |
格豪泽等人[ 96 ] | 292 名 55 岁以下男性的原发性肿瘤 | 影响年轻男性前列腺癌早期演变的突变特征的表征。基于多模态分析的临床相关亚组的识别 |
已经在非高加索血统人群的前列腺癌中发现了其他非ETS基因融合,包括 Y 染色体上的USP9Y和TTTY15基因之间的融合以及由 chr14:chr8 易位导致的CTAGE5 : KHDRBS3融合 [ 36 ]。在中国前列腺癌患者中,这些融合的存在率超过TMPRSS2:ERG [ 37 , 38 ],这强烈表明遗传血统和环境因素在前列腺肿瘤发生的分子进展中起关键作用。
Gene | Aberration | Chromosomal locus | Frequency in localized prostate cancer |
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PTEN | Deletion | 10q23.31 | 10–20% |
NKX3-1 | Deletion | 8p21.2 | 5–30% |
TP53 | Deletion | 17p13.1 | 4–20% |
FOXO1 | Deletion | 13q14.11 | 5–15% |
RB1 | Deletion | 13q14.2 | 5–15% |
MYC | Amplification | 8q24.21 | 6–10% |
CHD1 | Deletion | 5q15-q21.1 | 8–10% |
NBN | Amplification | 8q21.3 | 5–7% |
CDH1 | Deletion | 16q22.1 | 4–5% |
BRCA2 | Deletion | 13q13.1 | 3–5% |
CDKN1B | Deletion | 12p13.1 | 2–5% |
BRCA1 | Deletion | 17q21.31 | 1–2% |
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