使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件，集成了以下几款软件

1. MEME

2. DREME

3. CentriMo

4. Tomtom

5. FIMO

6. SpaMo

适用于分析数据量较大的序列上的motif信息。首先通过MEME和DREME两款软件预测de novo motif, 然后利用CentriMo识别在序列的中心区域显著富集的motif, 同时采用Tomtom软件将预测到的de novo motif与指定数据库的已知motif进行比对，确定二者的相似度。最后利用FIMO软件预测motif在输入序列上的结合位点。

在线工具的网址如下

http://meme-suite.org/tools/meme-chip

只需要提供输入序列就可以了

默认情况下，自动提取输入序列中心区域上下游各50bp的序列用于后续分析，因为DREME软件针对长度在100bp左右的序列其效果最佳。

输出结果如下所示

第一列为motif对应的sequence  logo, 第二列为识别到给motif对应的软件，第三列为motif对应的E value, 第四列为Tomtom比对得到的已知motif, 第五列为Centrimo分析得到的motif结合位点在输入序列上的分布，最后一列为SpaMo和FIMO软件的分析结果，其中GFF3文件保存在motif在输入序列上的结合位点。

命令行版本的基本用法如下

meme-chip \
-meme-p 6 \
-oc out_dir \
-db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \
input.fna

其中-meme-p指定运行MEME时的线程数，MEME这个软件的运行速度减慢，多线程可以提高运行速度,-db参数指定已知motif的数据库，在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。

相比MEME和DREME, MEME-ChIP功能更加的强大。

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