有多项研究表明lncRNA与众多生物学过程，复杂疾病相关，为了进一步探究lncRNA在这些生命活动中的具体作用，我们需要对lncRNA的功能进行分析。
在生物信息学中，对于基因功能的挖掘，通常的做法就是利用GO和KEGG等功能数据库，但是这些数据库中都是蛋白编码基因的功能，为了利用这些数据库中的信息，我们需要在lncRNA与mRNA之间建立起联系，常见的思路有以下几种
通过lncRNA和mRNA之间的相互作用
很多文献和数据库中都有报道的lncRNA与mRNA之间相互作用，也可以通过软件来预测二者之间的结合，通过lncRNA的靶标mRNA, 来研究lncRNA的功能。
通过lncRNA与mRNA的共表达
通常认为共表达基因集参与同一通路，或者受到同样的调控，具有相似的生物学功能，利用表达谱数据寻找与lncRNA共表达的mRNA,从而来研究lncRNA的功能。
通过ceRNA调控机制
ceRNA是近几年很火的一个概念，指的是各种RNA分子通过竞争性结合miRNA从而发挥调控作用，对于lncRNA而言，通过lncRNA-miRNA-mRNA这种ceRNA机制，将lncRNA关联到mRNA上来，从而去探究lncRNA的功能。
Co-LncRNA通过分析查找与lncRNA共表达的mRNA,构建lncRNA与mRNA之间的共表达网络，并通过共表达的mRNA对应的GO和KEGG来研究lncRNA的功能，该数据库的网址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/
从GEO和TCGA中收集了来自28个组织/细胞系, 共6500个样本的RNA-seq数据，然后通过经典的 tophat+cufflinks+RSEM策略分别对mRNA和lncRNA进行定量，通过斯皮尔曼相关性分析和线性回归，分析lncRNA与mRNA之间的共表达，构建lncRNA与mRNA的共表达网络。对于lncRNA, 对其共表达的mRNA做GO和KEGG富集分析，采用的方法是费舍尔检验，将功能富集的结果当做该lncRNA的注释，完整流程示意如下
CEGs代表共表达基因Co-Expressed Genes，通过这个菜单可以浏览共表达分析的结果，示意如下
选择数据集和共表达分析的方法，设置阈值，通过mRNA或者lncRNA的名字来查找对应的共表达基因，点击pattern可以查看详细的分析结果，示意如下
通过CEGsFuncs查看lncRNA的共表达mRNA的功能富集结果，示意如下
对于KEGG富集的结果，点击可以查看具体的通路图，在通路图上，会将共表达的蛋白编码基因用红色标记，示意如下
通过CEGsNet, 可以查看lncRNA与mRNA的共表达网络，示意如下
该网站还支持上传自己的lncRNA和mRNA表达谱，然后进行共表达分析，界面示意如下
该数据库中的数据是免费下载的，通过该数据库，我们不仅可以查找已有的lncRNA与mRNA的共表达分析结果，还可以对自己的数据进行共表达分析。
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