ENCODE转录因子靶基因数据库

ENCODE数据库中包含了许多转录因子的chip-seq数据，通过对chip-seq数据进行分析，可以预测得到该转录因子对应的靶基因数据。

通过整合多个转录因子的分析结果，就可以构建一个转录因子靶基因数据库，网址如下

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets

该数据库中包含181种转录因子的靶基因数据，每种转录因子的靶基因对应一个数据集，示意如下

以转录因子ARID3A为例，结果如下

从截图中也可以看到，虽然chip-seq数据有实验证据的支持，但是由于peak-calling的假阳性等问题，最终得到的靶基因的数量是非常多的，这其中的假阳性率不言而喻。

该网站的数据不仅可以浏览，也可以下载。对于单个转录因子的靶基因数据，可以通过如下API进行下载

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/gene_set/ARID3A/ENCODE+Transcription+Factor+Targets

上述链接可以下载转录因子ARID3A对应的靶基因数据，对于其他的转录因子，只需要替换掉对应的TF的名字即可。API返回的是JSON格式的数据，需要一定的编程技巧才可以得到类似excel的文件形式。

对于整个数据库，可以通过如下API获得全部转录因子对应的数据的链接

http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/api/1.0/dataset/ENCODE+Transcription+Factor+Targets

然后就可以下载到整个数据库了。整个数据库中的信息简单直接，缺点就是假阳性率高。在线检索功能非常方便，但是下载数据库的话需要一定的编程技巧进行处理。

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