DNA甲基化作为表观遗传的一种标记,在生长发育和疾病发生过程中扮演着重要角色。随着大规模甲基化研究的进行,积累了大量疾病相关的甲基化数据,DiseaseMeth
就是一个保存了人类疾病相关的甲基化信息的数据库。
官网地址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/
在DiseaseMeth
数据库中,甲基化数据的类型包括两大类别
芯片
对于DNA甲基化芯片,除了27K
和450K
这两种常见的illuminaDNA甲基化芯片,还有其他定制的芯片,比如illumina GoldenGate Methylation Cancer Panel I
。
NGS
高通量测序主要就是包含WGBS
和RRBS
两种数据。
详细的信息如下:
Array-based
主要包括了27K
和450K
,其中27K
为8.6, 450K
为9.3;NGS-based
主要包括了WGBS
和RRBS
,WGBS
为3.9,RRBS
为4.3。对于疾病,包含下列7种类型:
Cancer
Genetic Disorder
Metabolic Disorder
Autoimmune Disease
Neurolobical Disease
Imflammation
Others
其中Cancer
类型的数据最多,详细信息如下:
利用这个数据库,我们可以根据疾病或者基因检索相关信息。以基因DEFB119
为例,该基因相关疾病的检索结果如下
从检索结果中,我们可以得到该基因相关的疾病,以及在该疾病中,这个基因的甲基化水平是上升还是降低。
对于相关疾病,还有热图数据可以下载
通过这个数据库,我们可以检索已有的对于某种疾病或者某个基因甲基化的研究结果。
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