在众多评测融合基因软件的文章中,EricScript这款软件还是名列前茅的,值得一试。该软件的网站如下
https://sites.google.com/site/bioericscript/home
温馨提示,需要科学上网才可以访问这个网站。软件的源代码托管在sourceforge上,安装过程如下
wget https://sourceforge.net/projects/ericscript/files/ericscript-0.5.5.tar.bz2tar xjvf ericscript-0.5.5.tar.bz2
该软件采用perl语言开发,只需要下载源代码解压缩即可。需要注意的是,该软件依赖以下几个软件
R
ada R package
bwa
samtools
seqtk
bedtools
blat
特别需要注意一点,该软件要求samtools的版本必须为1.0以下, 我测试时使用的是0.1.19版本,上述软件必须添加到PATH
环境变量下。
和其他软件类似,该软件也需要物种对应的数据库,目前官方提供只人和小鼠的数据库文件,暂时还不支持其他物种
软件的用法如下
perl ericscript.pl -db ericscript_db -name test -o output R1.fq.gz R2.fq.gz
-db
参数指定数据库对应的目录,-name
指定样本的名称,-o
指定输出结果的目录,最后是样本对应的双端测序的数据。
输出结果的目录结构如下
output/├── aln├── out├── test.results.filtered.tsv├── test.results.total.tsv└── test.Summary.RData
total.tsv文件是预测出来的所有融合基因的结果,filtered.tsv 是过滤之后的结果,更多用法和结果解读请参考官方文档。
·end·
联系客服