​肌管系统是与肌纤维的收缩功能密切相关的另一重要结构。它是由凹入肌细胞内的肌膜（即肌细胞膜）和肌质网（又称肌浆网，即肌细胞内的滑面内质网）组成肌膜凹入肌细胞内部，形成小管，穿行于肌原纤维之间，其走行方向和肌原纤维相垂直，称横管又称T管。低等动物如蛙骨骼肌的横管位于Z线水平，而哺乳类动物骨骼肌的横管则位于明带和暗带交界的水平，横管与细胞外液相通。