“原子”是伊壁鸠鲁思想体系中构成实在的基本要素。在伊壁鸠鲁的《致希罗多德的信》中，原子被描述为一种固体，它有形状、大小和重量，但无色、无臭、无味，而且因为太小而无法被人看到。根据他的理论，不同形状的原子种类是有限的，但每种形状的原子的数量是无限的，它们在无限广阔的虚空中运动和聚集。原子和虚空才是真正的实在。太阳、月亮和星辰经由原子积聚的过程形成，地球上的海洋、山脉和平原的形成也是一样。
然而，我们的世界只是无数世界(或“宇宙”)中的一个。每一个世界或宇宙都有各自的星辰和地球，也许还有其他形式的人和动物，而不同的世界被“宇宙间”的虚空隔开。伊壁鸠鲁认为，由于原子的数量是无限的，它们不可能仅在单个世界里就被穷尽。他问道:当我们发现大自然中的大多数东西，如山川、乌鸦、河流和橡树，都以复数形式存在的时候，为什么我们的世界偏偏是独一无二的?
伊壁鸠鲁不是第一个原子论者。在伊壁鸠鲁出生前就已经辞世的希腊希学家德漠克利特曾讨论过许多他的观点，而德漠克利特自己的老师一一鲜为人知的莱西普斯，可能也提到过这些观点。更早一点的原子论传统似乎出现在印度哲学中。不过，只有伊壁鸠鲁在他的学说中确立了原子论的希学传统，他的观点和推理比他的前辈更为清晰和完整。
为了支持日常体验到的物体都是由看不见的物质性粒子组成的抽象论点，卢克莱修增加了大量观察。他注意到风和水在运动时的力量，以及人们探测热和气味的能力。他声称这些能力取决于我们的感觉器官同某些物质之间的接触。晾在外面晒干的衣服会一滴滴地失去水分，戒指、雕像和道路也会在多年的摩擦和挤压中磨损。光可以穿透一些坚硬透明的物质，如羚角类薄片，但水不能，这表明光的原子一定比角的原子小，水的原子一定比角的原子大。手指间擦过的香草的余香一定是由看不见的粒子造成的。卢克莱修注意到，即使是最小的昆虫也一定有难以得见的内部构造。最后，他借尘埃在阳光下舞动的常见景象来说明，虽然这些尘埃不是原子，但它们的活动与原子类似，它们会飘浮、碰撞。
伊壁鸠鲁的本体论明显地排除了某些实体和关系。根据原子论者的观点，既不存在无形的灵魂，也不存在无躯体的神灵，魔法一一这种被理解为不需要身体接触就能控制物和人的力量一一是不可能存在的。这似乎暗示着远距离作用的效应，如传染病，实际上涉及肉眼看不见的病毒原子的流动。此外，正如伊壁鸠鲁主义对色彩的分析所指出的那样，我们的语言所指称的物体和性质只存在于习俗之中，也就是说，存在于人的需要、能力、行动和决定之中。颜色和气味取决于我们的感知器官和环境条件，反映出人们对与他人交流的有关环境信息的了解和需求。
由此推断，我们或许可以说诸如床之类的物体(也包括奴隶、女儿和雪花等)“存在”，仅仅是因为我们的生命形式构造和运用这些范畴来指称某些“坚实物体”，并使根据感知到的范畴间的从属关系做出决策变得必要或有益。在蠕虫的世界里，“床”不存在，“女儿”不存在，颜色为“猩红”的性质也不存在一一因为蠕虫没有色觉。因此，相对于观察者而言，所有的性质、关系和范畴都是流动和可变的。
物质的内聚性带来了一个问题:为什么宇宙不是充斥着细碎的原子粉末?卢克莱修提出，像染料粒子和羊毛之间的联结或胶水和木板之间的联结是被创造的，原子的聚集也是被类似某种“钩子和钩眼的作用结合起来的”。批评家们指出，钩子和钩眼也必须紧密联结才行。关于以某些原子的尖锐形状解释在舌头上的酸味，或以另一些形似鳗鱼的原子解释水的流动性的假设，最终看起来有些异想天开了。
在17世纪末乃至整个18世纪，人们普遍接受了一种“神学机械论”的自然影像，即自然是服从于神所施加的自然法则的粒子的集合。惯性定律，即物体在不受外力影响的情况下不会改变它们的运动状态，是一个重要而富有成果的假设，与此同时，它也给上帝创造和维护宇宙留下了大量工作。但是，物质本质上被动或具有惰性的观念不是原始的伊鸠鸿鲁主义的组成部分。原始的伊壁鸠鲁主义强调原子的自发活动、原子多种组合的可能性，以及在不受任何神意指导的情况下由原子的聚集和相互作用产生的奇妙结构和特性。原子本性被动的论题是一种方法，通过这种方法，粒子论可以适应基督教的要求，即要求自然完全屈从于上帝，而且由永恒不变、确凿不移的法则所支配。
莱布尼茨的兴趣涉及物理学、形而上学、显微镜学、自然史和逻辑学，他同意原子主义者的观点，即宇宙从根本上由不可分割的单一实体组成，这些实体坚不可摧又充满活力。但是，他对广延的原子不可分割和不可摧毁的观念表示怀疑。他认为宇宙的终极成分必定是非广延的，因而是坚不可摧的，类似于心灵的实体一一它们也是原子，但又有所不同。
牛顿采纳了伊壁鸠鲁学派的虚空概念，但他认为虚空中遍布多种力的作用，如重力、电磁力以及某些短程的引力和斥力，这些力代替了“钩子和钩眼”，解释了物质的内聚性和坚实性。他接着推测，也许宇宙中坚实物质的数量仅能够填满一个果壳，而在一个几近虚空的宇宙中发挥作用的力产生了坚实、耐久的物质的现象。
18世纪的希学家痴迷于物体的非物质化，而且认为物质和精神可能不是对立的概念。
化学原子本身由亚原子粒子组成，亚原子粒子有许多类型和亚型，包括夸克、电子和中子。量子力学告诉我们，亚原子粒子不是具有固定大小和位置的坚固实体。相反，所有的亚原子粒子都表现出波的特征。
总之，现代早期对伊壁鸠鲁主义传统的重新发现对17世纪的科学革命做出了重大贡献。物理科学保留了这样一种观念:在感知阀值以下，现实不包含与日常体验的物体具有相同性质和特征的实体。正是这种基本实在的要素与我们的感觉器官之间的相互作用，生成了一个看得见、摸得着的世界。自17世纪中叶以来，物理学家、心理学家和哲学家一道在试图理解这一基础性的实在到底是什么，以及经验世界如何从与物质性大脑(它同样是自然的一部分)的互动中产生，但没有取得完全成功。
伊壁鸠鲁学派认为减轻痛苦，尤其是由恐惧和焦虑产生的痛苦，是哲学对生活最重要的贡献。如果所有现象，甚至是那些不同寻常的现象，都是源自原子的排列、运动和作用，我们就不可能对神灵的力量感到惊讶，也就没有必要安抚他们或试图平息他们的愤怒。
伊壁鸠鲁方法论的一个特点是他从未打算提出对气象或天文现象的正确解释。他承认他只能提出与原子理论相一致的多种可能的解释。事实上，他经常在意的正是提供不止一种解释。月亮发光凭借的可能是它自己的光芒，也可能是反射光。他声称不确定太阳是每天都被点燃和淬灭，还是仅仅为地球所隐蔽，他把太阳和月亮的“转动”归因于空气的压力或其固有的原始的圆周运动。这些现象能够以各种各样的方式出现，人们一定不能过于痴迷“提供唯一解释的方法”，或者“毫无根据地拒绝”某种解释方法之外的其他方法，从而“渴望理解无法理解的东西”。
伊壁鸠鲁断言感官是真理的终极标准，那么这一论断如何与他对不可见的原子、关于原子性质和运动的一般理论，以及基于它们的宇宙论的信奉相吻合?据我们所知，伊壁鸠鲁并没有讨论过这个问题。
伊壁鸠鲁在《致希罗多德的信》中明确指出灵魂是有形的，它和其他事物一样由看不见的粒子组成。他形容这些粒子非常细微，它们遍布整个身体，使之活跃、敏感并具有意识，但只有当它们被“限制”在身体的框架内才能实现上述功能。卢克莱修紧随其后提出，动物的生命依赖于“风和温热的种子”或在肉体死亡时会“离开血管和骨头”的“精神”。
笛卡儿提出，上帝首先以物质整体的形式创造出宇宙，宇宙的各个部分可以做相对运动。然后，上帝又制定出永恒的运动定律，用以指导所有物质性实体(从恒星和行星到构成“有形世界”的粒子)的行动。自此上帝的活动就终止了。鉴于有足够长的时间，所有可能的形式都会出现，它们持续的时间或长或短，其中就包括我们世界的动植物。这些生命具有汲取营养、生长和繁殖的结构和系统。在创造了物质、运动和自然法则之后，上帝除了如人们所相信的那样把无形的灵魂植入人体，将不需要再做任何别的事情。
伊壁鸠鲁学派的两个基本思想有助于弥合从不存在到大千世界之间、从物质到生命之间的鸿沟，对思考“自组装”的问题也具有重要意义。一个是，某些偶然出现的形式能作为个体持续存在，因为它们具有稳定的特性。另一个是，某些形式的集合能作为物种随着时间的推移而持续存在，因为它们具备利于繁殖的特性，不具备这一特性的物种会消亡。
对伊壁鸠鲁学派的哲学家而言，生成与消亡是对称的过程。每一个可感知的实体(实际指除了原子之外的所有实体)都有一个固定的期限，该期限以构成实体的粒子扩散到宇宙流中为结束，在那里它们变成能够生成新的生命体和非生命体的材料。正如卢克莱修所说:
可见的物体不会遭到彻底的毁灭，因为自然对一件事物的更新得自另一件事物，而且除非以其他事物的死亡为补偿，她不允许任何事物的诞生……所以万物总是不断更新的，必死的生物通过相互交换得以生存。一些物种增加，就会有另一些物种减少;生物的世代在很短的时间内就会被替换，就像赛跑者一样，学生命的火炬从一只手传递到另一只手。
死亡被描述为一种平静的睡眠，由精神的种子和灵魂原子的扩散引起:“这就像一种葡萄酒，它的芳香已经蒸发，或者一种香水，它精致的香味已经消散在空气中。”
据说，伊壁鸠鲁认为有三种类型的灵魂粒子，分别对应热、气和风，它们相应地给身体提供温暖、运动和情感。至于第四种更轻的灵魂粒子，没有可命名的元素与之对应，它被认为控制着意识和思维的轻捷。
卢克莱修断言，认为灵魂预先存在，等待身体长成后进入身体并使其充满活力的设想是荒谬的。特别是当人们想到“野兽的交配和出生”时，尤其如此。心灵需要一个动物的身体，就像树木不能生长在天空中，云彩不能生长在海洋中，血液不能生长在木材中一样，心灵也不能存在于人的身体之外。他观察到心灵伴随着身体成长。鹿的胆怯、狮子的凶残和人类的理性都与它们的身体形态相适应，而且不能见诸别的种类的身体。
卢克莱修继续指出，“事物无数微小的影像从各个方面、在各个方向、以无数种方式漫游着”，激发了我们的想象力。这些不固定的影像的混乱解释了梦的不连贯性:当我们睡着的时候，这些影像片段进入我们的身体，致使我们的思想混乱。在梦中，“我们幻想自己跨越天空和海洋、河流和山脉，还徒步穿越平原”。我们还可以在影像组合时对现实世界中不存在的事物进行可视化。因此，我们梦到了从未出现过的“人马”;我们也能梦到去世的死者，即使当他们的肉体在地下腐烂时，其影像也无法散布在空气中。
卢克莱修追随着伊壁鸠鲁。他主张当同一感觉模式存在两种感知，比如两种视觉体验时，其中的一种无法纠正另一种。但当两种不同感觉模式(比如触觉和视觉)产生不同感知时，为什么一种感觉模式能统辖另一种呢?伊壁鸠鲁说，推理不能与感觉相矛盾，那么什么样的推理能证实一座方塔在远处看是圆的?卢克莱修意识到他已经陷入了混乱，因为他承认幻觉存在，而且在某种程度上把幻觉看作心灵的错误，但他坚持认为“如果你不准备信任感官……生活本身会立刻崩溃”。
仔细分析就会发现，除了以伊壁鸠鲁的方式，即站在感知优先的立场，我们在区分真实的感知和虚幻的感知方面并没有坚实的基础。月亮在地平线上看起来比在我们头顶上时大，哪一种表象是错觉呢?仅仅因为我们在地平线上看到月亮的频率比在头顶上看到月亮的频率要低，就把正在升落的月亮的巨大尺寸描述成虚幻的表象?
当涉及幻觉和梦境时，存在太多出人意料的事情，任何基于表象制订的计划实际上往往大错特错。然而，我们还有一个认同伊壁鸠鲁学派观点的基础，即表象不可能是虚假的，表象仅仅是其所是。
对伊壁鸠鲁学派来说，神灵既不创造也不评判，他们以幸福的状态居住在多宇宙间的空间，享受着原子构成的不朽的身体，他们没有感知和影响任何一个世界的途怪。神灵不曾设计我们的世界，不管理这个世界，没有参与监督、奖励或惩罚人类行为，也不能决定世界的终结。他们不推动天体运行。由于神灵不关心我们，也不与我们互动，宗教仪式不能以任何方式影响他们。
卢克莱修表明关于众神的民间观念基于梦境和幻象，他还谴责宗教对人类生活茶毒甚巨。卢克莱修宣称他的先驱是“第一个敢于抬起凡人的双眼挑战宗教的人”。他看到“人类的生命……耻辱地匍匐在尘土中，在迷信的重压下被碾碎”。
根据拉克唐修在公元3世纪的著作，伊壁鸠鲁曾提出过这样一个问题:上帝是愿意阻止恶却没能力去做，还是有能力阻止恶却不愿意去做?任何一种选择似乎都在否定神性。宗教辩护者接手解决此问题，莱布尼茨是其中有名的一位，他认为许多恶只是表面上的恶，而不是真正的恶，或者恶对更长远的善来说是必要的。
康德主张禁止对世界的终极起源、构成和命运进行理论化，理由是此类问题超出了人类知识的范围。他认为，唯物主义关于世界起源的论述同神创论一样，在哲学上是无法证明的，所以人不应该肯定这两种解释中的任何一种。
在康德看来，休漠对宗教的批判漠视了人类的需求;休漠毫不犹豫地剥夺了人们关于神意、美德之奖励等宽慰人心的想法。
伊壁鸠鲁学派认识到，过去许多世纪发生的技术和社会组织的进步不仅给人类带来了收益，也产生了损害，而其哲学宿敌却对此鲜有认知。卢克莱修提到所有文明生活的改进，如道路、建筑、织物、绘画和雕塑，都有助于人们享受生活。与此同时，在文明影响下，野心和贪婪毒害人们的心灵，这些邪恶源于“不知道拥有的限度”。正如嫉妒会破坏密友之间的关系，权力欲和财富欲则会导致流血和内乱。
资本主义制度也会走向灭亡，同时让位给另一种更加可持续的劳动组织和利润分配的模式。每天的工作时间会缩短，工人也将被解放以得到休闲一一以及快乐。
遗憾的是，马克思所预言的人类历史进一步发展的阶段还没有出现，取而代之的是技术创新满足了人们对更多消费和更多劳动力的需求，而不是休闲或回归简单的、无成本的快乐。“拥有的限度”没有为人所牢记。意识到这一点，人类学家马歇尔·萨林斯和一些当代作家指出，以某些方式来看，与现代工业社会的公民相比，仅存的少数采猎者的生活更加健康和幸福。
尽量避免痛苦、内疚、焦虑和恐惧是伊壁鸠鲁学派幸福生活的关键，而解释如何避免或至少最小化痛苦则是哲学的目标。
禁欲对伊壁鸠鲁学派而言，除了作为一种预防痛苦的手段，没有任何道德意义。不过，它在预防痛苦方面确实至关重要。对享乐直白的追逐非常容易导致放荡和长期有害影响。伊壁鸠鲁在这一点上说得很清楚:“不是纵饮狂欢、宴乐无度、享受男色或女色，也不是珍馐美味，而是冷静思考带来了幸福生活。”虽然吃喝令人愉快，但一旦超越满足饥饿感和暴饮暴食之间的界限，或超越适度饮酒和酩配大醉之间的界限，痛苦和麻烦便成了常见的结果，任何“给每次选择和逃避都寻找借口”的人都能确定这一点。因此，如果痛苦迫在眉睫，就不应该追求享乐;如果痛苦应允能减轻未来的折磨且带来更大的快乐，就应该拥抱痛苦。
使诚实成为社会美德“在道德上是好的”的原因不是其有神秘内在属性，而是别人期待我们说出真相，也讨厌我们说谎。我们的经验通常表明，如果我们不诚实，会预料到自己将被别人疏离和惩罚。偶尔，会有人做了一旦被发现即被惩罚的行为却能侥幸逃脱。但是，没有人能够理所当然地预料自己一辈子说谎、偷窃、隐瞒、侮辱和伤害他人而不受到惩罚。这样的人必然永远害怕公开和报复，因此过着不幸的生活。这样，伊壁鸠鲁学派为传统美德是值得追求的做出辩护，同时继续坚持所有的道德动机最终都建立在避免痛苦的基础上。
伊壁鸠鲁主义者认为不仅需要节制对食物、酒精和性的欲望，还需要节制对财富、名望和权力的渴求。普通人需要金钱、名誉和对其周围环境的控制来获得快乐，但他们对这些东西的欲望可能会超出冷静思考所要求的程度。正如我们从小报上所知道的那样，某些富有金钱、名气或权势之人的人生，可能由于诉讼、丑闻、痛苦的离婚、毒瘾或自杀而遭受命运的剧变。
“当我们存在时，死亡还没降临，当死亡降临时，我们已不存在了。”我们想象自己躺在黑暗的坟墓里一动不动、目不能视、耳不能听，感到恐惧和可怜，但我们不会成为自己死亡的见证者，也不会有恐怖的体验或经历。
我的死亡对其他人来说可能是坏事，而对我来说，想象自己的死亡在情感上是痛苦的。但是，伊壁鸠鲁学派认为，即使我在明天中午就要死去，对我来说也不是坏事一一我不会再遭受什么损失了。我将不复存在，我再也不会经历任何事情，包括关于所爱之人的痛苦、悲伤或焦虑。对一个存在物而言，事物的好坏取决于能给其带来快乐或痛苦，人一旦死了，这两种情况都不可能发生。死亡的过程也不甚可怕。伊壁鸠鲁认为剧烈的疼痛只能持续很短的一段时间，任何长时间的疼痛都是轻微的。死亡可能是一个不太痛苦的过程，在这个过程中，体验和感知痛苦的能力会随着死亡的临近而减弱。
伯纳德·曼德维尔认为对奢侈享受的追求(尽管伊壁鸠鲁和卢克莱修都没有称赞这种追求)让经济运行得以持续，而且养活穷人。
古伊壁鸠鲁学派认为，坚实物体的气味、味道和外观依赖于受其影响的身体和心灵。因此，不同种类的动物根据其物质构造经历着不同的世界;不同的人，以及人在不同的健康状况下，也会身处性质不同的世界。
对诸如大卫·玻姆这样的理论家而言，作为实证研究对象的时空中的粒子属于“外显秩序”，而产生它们的“内隐秩序”则是观察者无法探测到的，相应地，它与外显秩序的因果关系也不能得到解释。该观点与康德关于非物质性的“物自体”的学说有关，而“物自体”在康德看来比伊壁鸠鲁学派的原子在形而上学上更为可取。
人不是万物的尺度。然而，我们体验到的感官世界带有人的特征，这使得我们能够同他人沟通和合作，这也与我们的习惯、行为和能力息息相关。正如现象学家强调的，这一适应过程延伸到了个体差异的层面，摄影师、音乐家、数学家和精神分裂症患者都有不同的视觉、听觉和触觉体验;像唯物主义者所假设的那样，这些不同的体验对应个体大脑的解剖结构和生理运作的差异。伊壁鸠鲁主义者总是试图理解人们为什么会坚信他们所从事的事情，即使他们的信念看起来是毫无根据或有害的，而不是简单地将它们视为是错误的和非理性的。
我们只能部分地控制自己的思想，而且完全受从外部侵入我们心灵的物质性影像诱发的混乱生理反应的支配。伊壁鸠鲁学派并不重视个人在面对烦恼和悲剧时所采取的心理策略，而更重视在一开始就减少陷入情感困境的可能性，这或许是能迅速为我们指明出路的生活策略。
对伊壁鸠鲁学派而言，要想获得宁静，首先要破除可怕的迷信，其次要避免过分苛求的社会习俗。如果不幸依然发生了，或者疾病把我们击倒了，想到痛苦是剧烈却短暂的或是长期却温和的，或许能给我们些许安慰。
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