据中科博生研究表明，根据表达特性的差异可将高等真核生物的基因分为两大类∶一类叫管家基因（house keeping gene），以其组成型表达模式维持细胞的基本代谢活动;另一类叫发青调控基因，以其时空特异性表达模式完成个体正常的生长、发育与分化。将这种在生物个体发育的不同阶段，或是在不同组织细胞中发生的不同基因按时间、空间进行有序的表达方式，叫做基因的差异表达。
生物的发育与分化、细胞的周期变化、个体的衰老与死亡，生物体对外界环境压力的反应，都可归结于基因的差异表达。因此，比较不同细胞或不同基因型在基因表达上的差异，即mRNA种类的差异，对了解生命发育的分子本质提供了途径。中科博生。
1992年，Liang和ardee研究发明了一种mRNA差异显示PCR，简称DDRT-PCR，它可以从一对细胞群体或一对基因型产生的数万个mRNA中，有效的鉴定并分离出差异表达为基因。mRNA差异显示的基本程序如下∶
首先，从一对处于不同发育阶段或不同基因型的细胞群体中分离出总 mRNA，并以选用的3'端锚定引物逆转录合一链cDNA。中科博生。
第二步，以5'端随机引物和3'端锚定引物组成的引物对，在加、放射性同位素标记的dNTP的条件下，以cDNA为模板进行PCR扩增。中科博生。
第三，将扩增样品加在变性的 DNA测序胶中进行电泳分离。经X光底片曝光之后就可以观察到一对处于不同发育阶段的细胞，差异表达的mRNA的DNA扩曾条带。中科博生。
第四步，将有关差异表达的DNA条带从测序胶上切割下来，回收其中DNA片段。中科博生。
第五步，用相同的引物对之进行第二次 PCR扩增，得到一定数，可以重组克隆。中科博生。
第六步，将克隆的 DNA分别同基因组 DNA及总mRNA做outhern及 Northern杂交，甚至直接测序，从中鉴定出可能目的基因的 DNA片段。或者以此目的DNA片段作为探针，从cDNA文库或基因组文库中筛选全长的cDNA克隆或基因组克隆。中科博生。
最后，对筛选出来的阳性克隆进行基因的核苷酸序列结构分析及功能鉴定，以便最终获得差异表达的目的基因。中科博生。
商业化的基因芯片其中的DNA芯片就是利用差别杂交和差异显示的原理筛选特异表达的目的基因，所不同的是核苷酸序列多采用荧光染料标记，根据杂交后不同荧光表达及其强度分析基因表达不同或差异。
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