二神丸最早由补骨脂、肉豆蔻两个药物组成，具有温补脾肾、固肠止泻的功效，后来再加入吴茱萸加强温阳的作用，加入五味子加强固肠止泻的作用，成为四神丸，功效更强而全面。

这个配方，除了经典用于治疗腹泻、五更泻之外，也可以经常用于治疗脾肾阳虚而导致的口中唾液多、或者遗尿、遗精等症状，比如搭配益智仁、砂仁等药物使用，功效相似，互相协同，能够加强疗效。