通过外调控土壤微生物区系，使其满足使外源微生物的生理（营养特征）生态（土壤环境）条件，使它们进入一个陌生环境而不孤单，让它们进入土壤后能够如鱼得水，全身心投入工作。
如果仅将微生物加进去是不行的，这些好的外源微生物直接加到土壤中去往往都会死掉，因为微生物也跟我们人一样，需要吃东西才能生存。它们要吃的就是有机质，而我们的大多地块土壤中的有机质含量只有1.5%左右，这个含量和质量远不能满足土壤中的土著微生物，这些土著微生物都在整天“嗷嗷待哺”，怎么也轮不到外源微生物了。
因此研究这些好的外源微生物的食物结构、生理特性，研究它喜欢生长在什么样的环境下等等。想办法把它们喜欢吃的、喜欢的环境带给它，从而让它们定居下来，让它们繁殖。
我们要让外源的有益微生物在土壤中首先是存活，它要靠营养物质存活，经过10天-20天当根系生长出来之后，这些外源有益微生物已经在土壤中利用有机物料存活下来，它们就可以利用已经长出的根系产生的分泌物继续存活下来。因为植物一生中有40%左右的光合产物要分泌到土壤中的，供土壤中的微生物使用，如果没有好的外源微生物的话，这些根系分泌物就会被坏的微生物利用。所以，我们把土壤微生物区系调控好了，一旦作物根系长出来后，根系就会分泌大量的有机物质，土体中的有益微生物就会趋化到根表和根际，如果它们是细菌，就会在根表形成细胞膜，发挥它们所具有的特定功能和作用，如果它们是真菌，就会在根表和根际形成大量菌丝体而发挥作用。在播种前或育苗期，就把微生物肥料施下去，那么好的外源微生物就靠有机肥料在土壤中生长，当长到10天、20天，根系长出来之后，这些外源微生物就在根表了，用植物根系分泌物来维持它们的生命，从而发挥这些功能微生物的特定作用。在这个过程中，如果我们还能不断地添加生物有机肥或相应的菌液，就能让这些好的外源微生物比较长期地定居在土壤中，成为一时一地的优势微生物群落。
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