1.比如全脑的模板为mask,去掉几个不需要分析的脑区,该如何制作呢?
静息态论坛里的视频第二部分“
静息态功能磁共振数据处理视频教程(第二部分,中文版).flv”
37:55左右介绍了:
overlay下加载需要分区的模板比如:BA或ALL模板。之后在set range ofthreshold里面,Thresholdvalue'range里:比如我需要BA20分区,则填写20,20。之后保存;如果只有右边的,那就将十字架放在右边的那边BA20位置,再保存。
又比如:用REST的slice viewer可以做ROI,打开sliceviewer,underlay点ch2模板,overlay点aal模板,然后对照all模板的分区找到你所需mask的threshold,如左丘脑是78,set range of threshold输入78,78,就能显示出左丘脑了,最后savecluster就好啦,不知道你是不是要做这样的mask,我也是初学者呢 (此段摘自:水滴论坛)
但我有个问题就是由于sliceview的图像看的是:左是右,右是左,那我如需要左边的BA20,那么是否是将十字放在右边呢?模板还有一个重要概念,在看严老师视频时,我也常常忽视了,即binarymask,比如REST认0或非0的mask,rest认为脑外为0,脑内为非0,为mask;所以进行单样本T检验,比如所以被试的mALFF与1对比,这里的1被理解为是全脑的均值。如果使用mALFF-1(与全脑均值相减后),那就是与0对比。
REST slice viewer查看某个结果值,设定了阈值后,发现某个cluster非常有意义,想要其做mask,那就可以用savecluster来保存成一个binarymask,这个保存后的文件再次打开,你会发现其:threshold为0.同理,用平均值来做模板时,也需要用
REST ImageCalculator来表达其实binary mask。对于如何选择两个MNI坐标范围内的脑区作为mask,可以用marsbar来进行:http://marsbar.sourceforge.net/tutorial/define.html
Description of ROI | box at -20.0>X<20.0 -106.0>Y<-66.0-20.0>Z<7.0 |
对于,组合两个脑区,并排除第三个脑区,也有相应的程序可以使用。
之后导出二值化的maskROIdefinition, then Export.... Select image from the new menu in theSPM input window, and choose the new trim_stim_roi.mat as the ROIto export.