1.比如全脑的模板为mask，去掉几个不需要分析的脑区，该如何制作呢？
静息态论坛里的视频第二部分“
静息态功能磁共振数据处理视频教程(第二部分，中文版).flv”
37:55左右介绍了：
overlay下加载需要分区的模板比如：BA或ALL模板。之后在set range ofthreshold里面，Thresholdvalue'range里：比如我需要BA20分区，则填写20,20。之后保存；如果只有右边的，那就将十字架放在右边的那边BA20位置，再保存。
又比如：用REST的slice viewer可以做ROI，打开sliceviewer，underlay点ch2模板，overlay点aal模板，然后对照all模板的分区找到你所需mask的threshold,如左丘脑是78，set range of threshold输入78，78，就能显示出左丘脑了，最后savecluster就好啦，不知道你是不是要做这样的mask，我也是初学者呢 （此段摘自：水滴论坛）
但我有个问题就是由于sliceview的图像看的是：左是右，右是左，那我如需要左边的BA20,那么是否是将十字放在右边呢？模板还有一个重要概念，在看严老师视频时，我也常常忽视了，即binarymask，比如REST认0或非0的mask，rest认为脑外为0，脑内为非0，为mask；所以进行单样本T检验，比如所以被试的mALFF与1对比，这里的1被理解为是全脑的均值。如果使用mALFF-1（与全脑均值相减后），那就是与0对比。
REST slice viewer查看某个结果值，设定了阈值后，发现某个cluster非常有意义，想要其做mask，那就可以用savecluster来保存成一个binarymask，这个保存后的文件再次打开，你会发现其：threshold为0.同理，用平均值来做模板时，也需要用
REST ImageCalculator来表达其实binary mask。对于如何选择两个MNI坐标范围内的脑区作为mask，可以用marsbar来进行：http://marsbar.sourceforge.net/tutorial/define.html
| Description of ROI | box at -20.0>X<20.0 -106.0>Y<-66.0-20.0>Z<7.0 |
对于，组合两个脑区，并排除第三个脑区，也有相应的程序可以使用。
之后导出二值化的maskROIdefinition, then Export.... Select image from the new menu in theSPM input window, and choose the new trim_stim_roi.mat as the ROIto export.
