ZSCI-献给初学者，手把手教你如何快速查找基因序列信息！

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很多网站都可以查找基因信息，一般常用的经典基因数据库有NCBI、UCSC。下面我们就以pEGFP-C1构建human p53 CDS过表达载体为例，分享一下如何快速获取需要的序列信息。我们今天用到的序列信息检索网站是NCBI/addgene/SnapGene这三个。

快速查找基因序列信息

以pEGFP-C1构建human p53 CDS过表达载体为例。

我们需要获取的序列信息有两类，一类是p53 CDS也就是插入片段的序列，另一部分是载体的序列。

1、从NCBI获取P53的CDS序列

NCBI官网

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/

进入核酸数据库，输入基因名点击搜索。在弹出的页面中，选择物种类别，以及核酸类别。然后对弹出的页面信息进行初步筛选甄别，看是否是我们需要检索的内容，最后在右侧菜单中，筛选人类，以此来缩小检索范围。

  

经过人类的物种筛选后，弹出的页面中置顶的这一条，就是人类的p53 mRNA，点击进入详细页面，我们可以看到在详细页面中默认显示的是GenBank格式，我们可以调整为FASTA格式，GenBank格式有序列的详细信息，FASTA格式序列方便我们拷贝、编辑。

  

打开GenBank格式的p53序列，我们可以看到p53 mRNA长度是从1bp-2451bp，其中CDS是64bp-1245bp，同样我们可以看到CDS翻译的蛋白质序列以及对应蛋白质序列的ID，方便我们进行检索，检索完成后，通过右侧“send to”进行下载。

  

打开NCBI官网，进入GENE数据库，检索p53基因，确定物种为人类，就可以定位到TP53，点击进入详细页面，根据简介来判断是否为正确的检索，正确后向下拉，在页面中部可以看到p53的基因结构。点击“GenBank”进入详细页面，我们可以看到p53的mRNA，通过“NM0011...”可以跳转到mRNA页面。

  

2、从Addgene获取载体pEGFP-C1

如何检索载体pEGFP-C1？通常有两种方式。

①通过百度搜索名称进行检索，得到的结果大概率会导向Addgene。

②通过SnapGene来对pEGFP-C1进行检索。

Addgene官网：

https://www.addgene.org/

我们以Addgene直接检索，更快捷的得到pEGFP-C1的准确信息。打开官网，在右侧搜索栏，按载体名称进行检索。

为了缩小范围，我们可以在检索中进行设置，在右侧可以看到检索结果的简介。

点击进入详细页面后，从左到右，依次为载体线性图谱，序列等信息，可在线blast，比对，查找限制性内切酶位点、ORF翻译产物等。

SnapGene官网：

http://www.snapgene.com/

进入SnapGene官网，在主菜单栏第五个，选择质粒文件数据库，然后按照质粒的名称进行筛选，或者按照载体用途、性质来进行检索。右侧方框展示的为载体序列下载，查看等功能，左侧方框为pEGFP-C1载体分类。

  

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