不做实验也能快速发肠道微生物菌群文章！

如今，有关肠道菌群的研究越来越火热 ，相关肠道菌群的大数据分析也越来越深受高分杂志的喜爱。今天我们就为大家介绍一个专门用来分析肠道菌群的数据库GMrepo，希望能给正在进行肠道菌群科学研究和文章撰写的人提供便利。

GMrepo数据库是一个带有注释的人类肠道宏基因组的数据库。其主要目的是促进快速增长的人类宏基因组学数据的可重用性发展和研究，通过使用最新的工具注释所收集样品的微生物含量，以及通过手动管理相应人类宿主的宏数据来实现数据整理。GMrepo还配备了自定义查询图形生成器，可以进行各种复杂的生物学相关的查询。包含来自253个涉及92个表型的项目的58903个人类肠道样本/运行（包括17618个宏基因组和41285个扩增子）。

GMrepo网址：

https://gmrepo.humangut.info 

GMrepo的主要特点包括：

❶ 手动收集了每个采集的运行/样品的表型信息以及所有可能的相关宏数据，例如年龄，性别，国家，身体质量指数（BMI）甚至最近使用的抗生素; 将来可能会包含更多的宏数据；

❷ 使用最新的工具集一致地注释微生物含量，包括测序读数的分类分配和预先转换的物种/属相对丰度；

❸ 收集了根据其相关表型和统计数据（包括物种普遍性）的样本。

❹ GMrepo还通过代表性状态传输（REST）应用程序编程接口（API）提供对大部分内容的可编程访问；

❺ GMrepo配备了功能强大且易于使用的图形查询生成器，使用户可以对收集的样本和项目进行定制的，具有生物学意义的查询。

该数据库由华中科技大学生命科学与技术学院陈卫华教授研发，并将该数据库发表于Nucleic Acids Research（IF：11.147）

点击链接，进入网站主页,显示网站的简要介绍。

一

表型

点击右上角phenotype选项，这里可以检索采集粪便样本人类的健康状况和疾病状态，数据库中总共包含92种表型，包括精神疾病、各种癌症、炎症免疫疾病等等，涵盖了大多数的疾病类别，无论你是做什么研究方向，都可以尝试进行检索，结果会展现改疾病人群分辨采集样本数据。

比如我们想研究肥胖症人群菌群样本情况进行分析，我们在检索栏里输入“obesity”进行检索。

结果会展现该疾病的简要定义和数据收集标准，样本结果会展现物种、属、项目类别、相关样本四个方面。

01

 物 种

数据显示，从数据库中检索得到2193种这种表型的样本，列出下表，表中展现改样本的菌别类型、并且可以直接点击链接到NCBI分类和ENA网站，同时会展现样本数和样本丰度值。样本太多，可以直接在表格上方数据感兴趣的菌群名称进行快速检索。

02

 患病率丰度图

展示发现某个物种/属超过一定丰度阈值（例如0.01％）的样品比例和所有表型样本中某个物种的平均/中度相对丰度。

03

 物种共现网络图

将鼠标放在圆圈上可以展现该节点的具体信息，节点表示在该表型的样本中与其他物种共存的物种或属，节点的大小与网络中所连接的其他节点数成正比。在右下角可以选择图片和数据类型进行下载。

04

 菌种信息

点击菌种类型链接，可进入该疾病中菌种的详细信息。

数据统计信息：横坐标是相对分度，纵坐标是样本百分比，红色而代表疾病人群样本，绿色代表健康人群样本，点击左上角可设置是否显示异常值。

下方会展示该表型下的数据集信息，点击项目编号可以查看项目详情。

点击项目ID可以查看改数据集运行细节，以及相关菌群种或属的丰度具体数据百分比。

二

种类

1

菌种类型

点击species选项，表中会展示不同菌种数集，下方柱状图会展现按表型和样本类型的物种患病率。

2

多疾病分析

点击菌种名称，可以查看该菌种在不同相对丰度下的样本百分比，如果想要删去某个疾病类型则单击右侧疾病标记即可删去，若想单独显示某几个疾病进行比较，则双击想要研究的疾病，其他选项会全部消失，再单击另几个想要研究的疾病类型即可。

同样也可以生成不同疾病的柱状图。

三

下载数据

点击Data选项，这里展示包含253个项目中有58903运行样本，表格右侧质控选项，“1”表示质量控制正常，数据已加载到我们的数据库中，“0”表示质量控制不正常，数据未加载到数据库中，（空）表示尚未加载到我们的数据库中的数据。

总之GMrepo数据库是一个强大的肠道菌群分析数据库，涵盖92中疾病类型，研究范围广，数据全面细致，可多种疾病同时进行对比分析，符合当前肠道菌群分析流行趋势，不用自己送样检测，利用别人菌群检测数据，在线即可进行轻松操作的十分方便的神器，如今大量相关肠道菌群的疾病分析高分文章逐渐出现，GMrepo绝对是菌群课题研究和大数据分析不可或缺的一款优质工具！