北京麋鹿苑博物馆又名北京麋鹿生态实验中心、北京生物多样性保护研究中心。博物馆主要展示内容有“麋鹿沧桑”展览（包括麋鹿与自然、鹿与文化、麋鹿苑）、世界灭绝动物墓区、东方护生壁画等内容。1994年对外开放。

曾为元明清三代皇家苑囿南海子的一部分，现仅存遗址。是古代北京地区规模最大、历时最久的皇家游猎场所。元始建时称“下马飞放泊”，是元朝贵族打猎的地方。明朝永乐年间在扩充元代下马飞放泊辟建皇家苑囿时，为了与城北的北海子区别开来，就把这一带叫做南海子。占地210平方公里，面积相当于老北京城区的3倍。

麋鹿1985年回归中国前，选址确定北京南海子，其原因是北京南海子是麋鹿科学发现地、模式种产地、最后灭绝地，野生麋鹿的历史分布地，处在首都，交通方便，研究机构云集等具备多种有利条件。

博物馆中沼泽300亩，天然草场320亩，池塘60亩。苑内还有白唇鹿、马鹿、梅花鹿、狍子等其他鹿科动物和普氏野马等，另有灰椋鸟、大斑啄木鸟等鸟类。

明代诸帝在南海子内大兴土木，并按照二十四节气修建了“二十四园”，派1000余名海户放养和守护麋鹿、黄羊等禽兽。海子里绿草如茵，百花争艳；鹿鸣双柳，虎啸鹰台。每到秋季，晴云碧树，果红叶黄，别有一番特色；被誉为“燕京十景”之一，其名曰“南囿秋风”。明朝大学士李东阳《南囿秋风 》诗中有“落雁远惊云外浦，飞鹰欲下水边台”的诗句，形象地描绘了南海子的优美景色。