邓老认为萎缩性胃炎实为本虚标实的虚损病。本病之虚，主要为脾胃亏虚，脾亏虚于阳气，胃亏虚于阴液，此为病发的前提和本质。本病之实，多为虚损之后所继发，脾气亏虚，血失鼓动，血滞成瘀阻络，此为一；脾失健运，湿浊不化，痰湿停聚，此为二；痰阻湿郁加之阴液亏损，则易引致虚火妄动，此为三。其中胃阴受损是本病较为突出的病理表现。临床上本病患者多见为胃病病史较长，形体消瘦，胃纳甚差，纳后胃脘胀闷疼痛，有灼热感或低热，易反胃，舌苔花剥，甚则光剥无苔，脉细弱。邓老认为剥苔是胃阴不足的重要指征，它的变化标志着病之进退。故认为，胃阴亏损加之胃络瘀阻，胃失于滋润濡养，是导致胃腺体萎缩的重要病机。


在治法上，补脾气，养胃阴，是治疗之根本。但活络祛瘀，除湿化痰，清退虚热，亦是不可忽略的重要措施。邓老用药颇有讲究，无论治本或治标，都注意胃阴的恢复。邓老认为，此病是伤于后天，消化吸收功能甚差，故培补不要急于求成而骤投大温大补之厚剂，否则会滞其胃气，灼其胃阴；救护胃阴也不能过于滋腻，以免壅阻脾之阳气，反令胃阴不易化生；而活络祛瘀药防破血太过，清退虚热要防伤阳。故培元宜用太子参、山药、茯苓、炙甘草等，虽补力不及党参、黄芪，但不会滞气助火；再佐以麦芽使之易于受纳，这对于消化吸收功能甚差，胃阴已伤的患者大有裨益。邓老在使用人参时亦颇有考虑，脾胃大虚，不求助参力不行，故选用补力稍缓之参须，并根据脾胃渐复的情况逐渐增加投药次数，不图急功，待其胃阴渐复之后再用黄芪。至于救胃阴，特别是舌苔光剥者，石斛、小环钗、山药最为相宜。

活络通瘀，清降虚热，丹参配鳖甲较为妥贴。至于化湿浊，宜选用药性较平和之扁豆、茯苓、鸡蛋花、麦芽等，切忌用温燥之品。此外，患病日久，“穷必及肾”，脾胃属土，肝属木，脾虚往往肝气乘之，故治疗时不能忽视肝肾，于适当之时加调养肝肾之品。