为伴有传染病的患者手术时，应建负压洁净手术室。
可采取增设排风机等有效手段以调节排风量，使洁净手术室由正压变成负压。在洁净区域内用空气负压差来控制气流，吸收有害气体，洁净室内空气。使用负压手术室可以从根本上控制和解决手术室空气污染问题。
一间负压手术室通常包括一个通风系统，以便空气从走廊或者任意相邻区域流进负压手术室，同时确保污染的空气无法从负压手术室逸出，流入医院和卫生机构的其它区域。自然条件下，空气从高压带向低压带流动。
如手术室处于负压状态，外面的空气则会不断从门下面流进房间，同时防止房间内滋生的气态污染微粒逸出，进入外面的走廊。举一个常见的负压室例子，一间带排气扇的浴室就是一间负压室。负压条件形成后，关闭浴室门，风扇就会阻止不好闻的味道和湿气逸出浴室。要产生负压状态，可通过平衡房间的通风系统，让自动排放的空气多于自动提供的空气即可实现。这样就造成通风不平衡，房间通风系统不断从房间外面吸进空气补充。在一间经过精心设计的负压室里，空气完全通过门下面的一个缝隙（一般大约半英寸高）流入。除该缝隙外，这间负压室应该尽可能密封，以防止空气通过各种其它裂缝和缝隙进入，例如窗户四周的各种缝隙，墙上照明设备以及插座等。即使房间已经实现了负压条件，这些地方漏进的空气仍可能抵消或者消除房间的负压状态。
实现和维持房间负压以便空气流进房间所需的最小压力差非常小（水位表的0.001英寸）。实际实现负压值取决于通风系统空气消耗量与供应量的差额及房间的结构和大小，包括空气流动路径和流动开口。如果房间密封情况良好，则很容易实现高于0.001英寸水位表的负压值。但如果房间密封情况不佳，正如很多卫生机构的实际情况（特别是较旧的医疗机构），要实现较大的负压值可能需要排放量/供应量差值大于通风系统容量。
要在一间通风系统正常运行的条件下实现负压环境，首先调节房间的空气流动供应量与排放量，实现排放量比供应量高10%或者高50立方英尺/分钟（取决于较高值）即可。大多数情况下，这种标准就能够实现至少0.001英寸水位表的负压值。如果无法实现0.001英寸水位表的负压值，也不能通过增加流量差额（在通风系统允许范围内）实现，则应仔细检查该房间是否存在缝隙（例如门缝、窗缝、水管装置和各种嵌入墙壁的装置等），然后采取补救措施，密封这些裂缝。房间内的负压值可通过改变通风系统运行或者打开和关闭房间的门、走廊门或者窗户而改变。如果已经建立起一种运行结构，应确保妥善关闭负压室以及其它区域（例如影响空气压力的走廊门）的所有门窗，人员需要进入或离开房间或区域情况除外。
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