日本发动侵华战争后，为了适应长期作战，弥补兵力不足的需要，试图在必要时通过发动细菌战来打败中国军队。侵华日军在黑龙江省哈尔滨市进行细菌战试验的关东军满字731部队（化学毒气为其主产品）臭名昭著，已广为人知。然而，在吉林省长春市郊区的孟家屯，在北平天坛神乐署，在广州市百子路(今中山二路)原国立中山大学医学院图书馆大楼内，在南京中山东路原南京陆军中央医院分别也有4支神秘的细菌部队——关东军第100部队，北支甲字1855部队，波字第8604部队，荣字第1644部队.这些细菌部队一直不断从事细菌战研究和惨绝人寰的活体细菌试验。这些细菌部队对外都称“防疫给水部”，名义上，都是为了水料消毒和供给以及当地部队防疫事宜而设立的。由于日本没有公开这些细菌部队的档案，战后日军迅速销毁了这些细菌部队的全部资料，追踪这些细菌部队的史料相当不易。
日本关东军第100部队
1935年 日本关东军司令部委派关东军兽医处处长高桥中将于长春西郊十公里外的孟家屯附近择地建立称“关东军兽疫预防部”--日本关东军第100部队(制造细菌武器工厂的秘密代号)，对外称“关东军马匹防疫给水部”，内设司令部、总务部、第一部、第二部、第三部和第四部，由若松少将任部队长。该部队在拉古站设立了细菌战支队，在大连市内设立了一个分部，在佳木斯、东安、克山、鸡宁(今黑龙江省鸡西)等地设立了据点。
第100部队研究的是针对动物、植物和人畜并用的细菌武器。鼻疽菌、炭疽热菌、牛瘟菌、斑驳病被确定为主要的进攻武器。
1940年7月 日本关东军第100部队与731部队总称为关东军第659部队。由兽医少将若松次郎主持。拥有800余名人员和大量特种设备。
1942年7月下旬 日本关东军第100部队的村本少佐，以及下属军官、研究人员30余人，于中苏边境的德尔布尔河进行细菌武器“夏季演习”，将12公斤鼻疽菌浸入河中。鼻疽菌顺德尔布河汇入额尔古纳河，流入苏联境内。
1944年3月日本关东军第100部队在雄板中佐和山口少佐率领下，共20余人远征到海拉尔市以南怀乐镇的南岗河一带进行细菌武器演习。这次演习是把细菌放入积雪和枯草中，检查在寒冷条件下，用鼠疫菌传染牛、马等牲畜，用痘疮菌传染羊群的条件和可能性。
1945年8月8日 苏联对日宣战。日本关东军司令官山田乙三命令日本关东军第100部队将所有贵重设备运走，由工兵协助将所有地面建筑物炸毁，还烧毁和撤走了几乎所有文字图片资料，以销毁制造细菌武器的痕迹。
甲字1855部队
1938年2月，华北防疫给水部本部即北支甲字1855部队在成立；日军华北甲1855部队被日军以“防疫给水”的名义设立在北平天坛神乐署原国民党中央防疫处。1939年，该部队更名为“北支(甲)第1855部队”，对外称“第151兵站医院”。该部队隶属于日本陆军参谋部第九技术研究所(登户研究所)和日本华北方面军司令部，由731部队部队长石井四郎任技术指导。
该部队与731部队一样，培养鼠疫、霍乱、伤寒、痢疾、疟疾等恶性传染病菌，进行了大量人体实验。该部队首任部队长是黑江，以后是菊池，西村英二。
1943年七八月间, 日军北平甲第1855部队(细菌部队) 在北平投入霍乱菌进行实验,造成全市霍乱流行。据同年北平《新民报》载, 截至10月底, 北平城区发现霍乱患者二千一百三十六人, 死亡一千八百七十二人。又,石景山地区疫情严重, 与市区中断交通五天, 仅7 月份, 石景山制铁所死于霍乱的工人,即达两千多人。
1950年，卫生部陆世烺在《关于日军驻北京细菌部队情况调查》的报告中证实:在前天坛防疫处院内有日寇遗留下的11吨、12吨、13吨三个6公尺长的大型消毒锅，是用来对培养菌种器具消毒的。仓库内还有大量的铝质培养箱。
1995年，在侵华日军投降50周年之际，伊藤影明和其他一些原日军老兵来到天坛神乐署等处，指证日军的犯罪遗址，向中国人民谢罪。伊藤影明亲手绘制了一张“1855部队”驻地的草图。后来，日本东京大学讲师、日本自由作家、记者西野留美子根据伊藤影明的草图和其他一些老兵的回忆，绘制了更完整、更清晰的《原侵华日军1855部队总部设施配置图》。
2014年5月28日，一批日军华北甲1855部队的老照片在国内首次现身拍卖行。
“波字8604部队”
1938 年10 月31 日“波字8604部队”在广州百子路(今中山二路)原国立中山大学医学院图书馆大楼内组建，对外称为“华南防疫给水部”， 波字8604部队对华南地区(主要是广东、广西、福建及港澳等地)进行细菌战服务。这支部队“首任部队长是田中岩军医大佐，以后是佐佐木高行、佐藤俊二、龟泽鹿郎。
“荣字第1644部队”
1939年4月18日，华中防疫给水部本部即“荣字第1644部队”在南京中央陆军医院成立。对外公开叫“中支那防疫给水部”，实为南京日军细菌试验基地，是由日本细菌战犯石井四郎在1939年4月带领731部队的部分人员、设备来南京建立的。
“荣字第1644部队”总部机构主要有总务部、防疫科等7个部门。此外，在上海、苏州、常州、杭州、九江、南昌、安庆、汉口等地设立了12个分部，总部与各分部的工作人员总数达1500多人。
培养霍乱、伤寒、鼠疫等致命细菌是“荣字第1644部队”的显著特点。
1644部队最初成立之时，由于石井四郎兼任该部队的首任部队长，因此，刚开始部队的名称也称为“石井（四）部队”，1941年该部队因与位于日本神奈川县多摩河畔陆军科学研究所--登户研究所（又称陆军第九技术研究所）合作研究时曾一度被称为“多摩部队”，不久又改称为“荣字1644部队”。
“1644”有两种说法：
—种说法是“1644”这—数字来历同石井四郎及731部队相关，“l与 6之和为 7，3与1之和为4”，“1644”中的第一个数字“1”和最后一个数字“4”的日语发音为“石”。
另一种说法是“1644”为了纪念清朝在1644年入关，其中名字隐含了日本人希望能象当年的清朝一样，可以顺利占领中国的愿望。
日本“荣字第1644部队”在华中地区浙江省宁波（1940年8月）、湖南常德（1941年11月4日）和浙江省金华义乌松山（即崇山村）（1942年5月）进行了3次主要的细菌作战，残害了大量中国人。
1998年8月，在南京市北京东路九华山附近基建建设工地挖出几十具被肢解的尸骨，散发着刺鼻药味。经化验，尸骨含霍乱弧菌，专家考证断定，这就是日军“荣字第1644部附当年进行细菌活体试验留下的遗骨。
附：日本“荣字第1644部队”历任部队长
石井四郎 1939.4.18—1941.2 兼
增田知贞 1939.4.18—1941.2代理部长 1941.2—1941.7
大田澄1941.7—1943.2
佐藤俊二1943.2—1944.2
近野寿男1944.2—1945.4
山崎新1945.4—1945.8
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