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TRIBE揭示Dis3在形成疟原虫动态转录组中的作用
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2022.06.11 贵州

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TRIBE Uncovers the Role of Dis3 in Shaping the Dynamic Transcriptome in Malaria Parasites.


|核心内容:

RNA 结合蛋白 RNA 靶点的鉴定对于全面了解其生物学功能至关重要。

然而,由于RNA 结合蛋白可能具有较高的背景和复杂的操作性,因此如何通过 RIP-seq、 HITS-CLIP 或 GoldCLIP 策略来识别RNA 结合蛋白的生物相关目标仍然是一个挑战。

在疟原虫中,RIP-seq 和基因破坏是目前可用于确定 RBP 目标的为数不多的工具。

本文采用基因编辑鉴定 RNA 结合蛋白靶标(TRIBE,Targets)系统对 PfDis3的 RNA 靶标进行了鉴定。

我们构建了一个转基因寄生生物系的,其中催化腺苷(a)到肌苷(i)转换潜在的相互作用位点的 pfdis3靶向 rna。

ADAR: A--I(N--O,氨基换成酮基)


大多数 PfDis3靶基因只有一个编辑位点。

PfDis3-TRIBE 检测到的大多数编辑位点位于外显子中,分布在整个编码区域。

编辑位点附近的核苷酸包含ー75% 的 a + t PfDis3ー tribe 靶基因,表明 PfDis3ー tribe 优先检测到更强的 PfDis3 RIP 靶基因。

总的来说,PfDis3-TRIBE 是一种高效、可重复性地鉴定 RBP 靶基因的有利工具。

此外,pfdis3靶向基因在血液期发育过程中参与了与期相关的生物学过程。

因此,PfDis3似乎通过转录后降解来自无性生殖血液阶段的各种不需要的转录品来形成疟原虫的动态转录组。
原文摘要:


Identification of RNA targets of RNA-binding proteins (RBPs) is essential for complete understanding of their biological functions. 

However, it is still a challenge to identify the biologically relevant targets of RBPs through strategies of RIP-seq, HITS-CLIP, or GoldCLIP due to the potentially high background and complicated manipulation. 

In malaria parasites, RIP-seq and gene disruption are the few tools available currently for identification of RBP targets. 

Here, we have adopted the TRIBE (Targets of RNA binding proteins identified by editing) system to identify the RNA targets of PfDis3, a key exoribonuclease subunit of RNA exosome in . 

We generated a transgenic parasite line of , which catalyzes an adenosine (A)-to-inosine (I) conversion at the potential interacting sites of PfDis3-targeting RNAs. 

Most of PfDis3 target genes contain one edit site.

The majority of the edit sites detected by PfDis3-TRIBE locate in exons and spread across the entire coding regions

The nucleotides adjacent to the edit sites contain ∼75% of A + T. 

PfDis3-TRIBE target genes are biases toward higher RIP enrichment, suggesting that PfDis3-TRIBE preferentially detects stronger PfDis3 RIP targets. 

Collectively, PfDis3-TRIBE is a favorable tool to identify target genes of RBP with high efficiency and reproducibility. 

Additionally, the PfDis3-targeting genes are involved in stage-related biological processes during the blood-stage development. 

Thus PfDis3 appears to shape the dynamic transcriptional transcriptome of malaria parasites through post-transcriptional degradation of a variety of unwanted transcripts from both strands in the asexual blood stage.




参考文献:https://sci-hub.ren/10.3389/fcell.2019.00264

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