TRIBE Uncovers the Role of Dis3 in Shaping the Dynamic Transcriptome in Malaria Parasites.
|核心内容:
RNA 结合蛋白 RNA 靶点的鉴定对于全面了解其生物学功能至关重要。然而,由于RNA 结合蛋白可能具有较高的背景和复杂的操作性,因此如何通过 RIP-seq、 HITS-CLIP 或 GoldCLIP 策略来识别RNA 结合蛋白的生物相关目标仍然是一个挑战。在疟原虫中,RIP-seq 和基因破坏是目前可用于确定 RBP 目标的为数不多的工具。本文采用基因编辑鉴定 RNA 结合蛋白靶标(TRIBE,Targets)系统对 PfDis3的 RNA 靶标进行了鉴定。我们构建了一个转基因寄生生物系的,其中催化腺苷(a)到肌苷(i)转换潜在的相互作用位点的 pfdis3靶向 rna。ADAR: A--I(N--O,氨基换成酮基)
PfDis3-TRIBE 检测到的大多数编辑位点位于外显子中,分布在整个编码区域。编辑位点附近的核苷酸包含ー75% 的 a + t PfDis3ー tribe 靶基因,表明 PfDis3ー tribe 优先检测到更强的 PfDis3 RIP 靶基因。总的来说,PfDis3-TRIBE 是一种高效、可重复性地鉴定 RBP 靶基因的有利工具。此外,pfdis3靶向基因在血液期发育过程中参与了与期相关的生物学过程。因此,PfDis3似乎通过转录后降解来自无性生殖血液阶段的各种不需要的转录品来形成疟原虫的动态转录组。
参考文献:https://sci-hub.ren/10.3389/fcell.2019.00264
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