HACS
目录:
1.NCBI数据库简介
2.NCBI数据库核酸序列检索、查看与下载
3.NCBI数据库常用功能之BLAST
4.拓展阅读
1. NCBI数据库简介
【网址】https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI(National Center for Biotechnology Information) 可译为国家生物技术信息中心，是美国国家医学图书馆(NLM，National Library of Medicine)的一部分，而美国国家医学图书馆(NLM）又隶属于美国国家卫生研究院(NIH，National Institutes of Health)。NCBI收录全世界所有实验室测序过的核酸信息，包括宏大的“人类基因组计划”测序结果、小鼠等所有物种的测序信息。此外，NCBI还提供许多功能强大的数据检索与分析工具（Analyze模块）。
2.NCBI数据库核酸序列检索、查看与下载
找到nucleotide（若是找基因或基因组可以选择gene,genome，此外还有其他很多库可以选）
输入关键词，例如“mTOR” - 搜索search
选物种（人=Homo sapiens; 小鼠=Mus musculus）、分子类型
找到合适的序列（transcript variant 1是WT，一般最长的）
下载序列：complete record-file-genebank-create file。亦可先点击左上角“FASTA”、“Graphics”查看序列和序列的图谱概览。
下载的序列可以用snapgene查看（软件链接在此）。找到nucleotide（一般找mRNA,cDNA等等）
输入关键词，例如“mTOR” - 搜索search ~ 选物种（人=Homo sapiens; 小鼠=Mus musculus）、分子类型 ~ 找到合适的序列（transcript variant 1是WT,一般最长的）。若是找基因或基因组可以选择gene，你不选它也会自动弹出框来供你选择。
选物种为人（Homo sapiens）分子类型为mRNA得到的结果，找到合适的序列（transcript variant 1)
序列信息：其中ACCESSION又可以成为检索号，每个序列只有一个。经过验证的标准序列mRNA采用NM_xxx，基因组用NC_xxx或者AC_xxx格式。
序列信息介绍
序列下载：complete record-file-genebank-create file。亦可先点击左上角“FASTA”、“Graphics”查看序列和序列的图谱概览。
下载的序列可以用snapgene查看（软件链接在此）。3.NCBI数据库常用功能之BLAST
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：Find regions of similarity between this sequence and other sequences using BLAST. 使用BLAST查找某序列和其他序列之间的相似区域，即先将某条序列和某个核酸序列库相匹配，然后分析它们的相同和不同之处。
BLAST可以实现基因的比对，就相当于论文查重的过程。这里的已知序列就相当于我们自己的论文，而核酸序列库就相当于论文库。核酸序列库内容十分丰富，可自己选择，包括人类、老鼠、甚至猪狗牛羊等等。
刚刚的下载页面就有一个链接可以直接跳转到 BLAST页面
也可以直接打开链接。
【BLAST链接】https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
根据自己的序列类型选择相应模块，一般选择Nucleotide BLAST.
输入检索号或FASTA序列，选择物种（根据自己的序列来源来选择，常用的是house mouse或者human），然后直接点击左下角“BLAST”
结果图，主要看描述的具体名称和匹配率
------------------------------------------------------------拓展阅读:
美国的NCBI、欧洲的 ENA（European Nucleotide Archive）与日本的DDBJ（DNA Data Bank of Japan）共同构成国际核酸序列数据库合作联盟（International Nucleotide Sequence Database Collaboration, INSDC)。通过INSDC，三大核酸数据库的信息每日相互交换、更新汇总，这使得他们几乎在任何时候都享有相同的数据。也就是说我们在一个数据库里检索就相当于对所有数据库进行搜索，无需逐个数据库精选搜索，极大节约了数据分析的时间。但是每个数据库各有优势，注释方式也不一样，所以在掌握NCBI数据库的用法后大家可以尝试使用另外两个数据库，根据自己的喜好选择一个作为常用数据库。作为正在迅速崛起的大国，中国国家基因库生命大数据平台（China National GeneBank DataBase， CNGBdb）是继世界三大数据库之后的全球第四大国家级数据库。它是中国首个，也是唯一一个国家级基因库。
CNGBdb整合了来源于国家基因库、NCBI、EBI、DDBJ等平台的数据，包括文献、变异、基因、蛋白质、序列、项目、样 本、实验、组装、物种10个结构的大量分子数据和其他信息，通过CNGBdb搜索建立索引，并将这些数据与样本甚至样本活体相关联，从而实现数据从活体到样本再到信息数据全过程的可追溯性，达成综合数据的全贯穿。
以上数据库网址：
ENA：https://www.ebi.ac.uk/ena
DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp
CNGBdb：https://db.cngb.org
参考文献：
1.http://muchong.com/html/201010/2460587.html
2.https://zhidao.baidu.com/question/1372036853098097339.html
3. https://wenku.baidu.com/view/2aa8294d24284b73f242336c1eb91a37f11132e0.html
------------------------------------------------------------
【科研鸡汤】“当你进入实验室时，要像脱去外衣那样放下你的想象力，因为实验操作中不能有一丁点的想象，否则，你对事物的观察就会受影响；当你翻开书本的时候，你又必须尽可能展开想象的翅膀，否则你就不可能走在别人的前面。”--《现代分子生物学》主编：朱玉贤
本站仅提供存储服务，所有内容均由用户发布，如发现有害或侵权内容，请
点击举报。
