【工具】引物设计？这些在线网络工具可以帮你！

几个常用的引物数据库，现成的，不用设计，直接挑选：

PrimerBank(基本满足所有需求了)

https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

注意：要输入目的基因的NCBI Gene Symbol，然后点击Submit才可以。被标为绿色的引物表示文章验证过没问题。

2. qPrimerDepot

https://primerdepot.nci.nih.gov/

3. RTPrimerDB：RTPrimerDB: the real-time PCR primer and probe database

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12519963/

http://www.realtimeprimerdatabase.ht.st/

常规引物设计网站：

在线引物设计

网址

Primer-Blasthttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

Primer3plushttp://www.primer3plus.com/

BatchPrimer3https://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/

PCR-Suitehttp://pcrsuite.cse.ucsc.edu/

oligoarchitecthttp://www.oligoarchitect.com/LoginServlet

http://www.primer3plus.com/

http://www.oligoarchitect.com/LoginServlet

甲基化：

在线引物设计

网址

BiSearchhttp://bisearch.enzim.hu/?m=genompsearch

MethPrimerhttp://www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi

http://bisearch.enzim.hu/?m=genompsearch

http://www.urogene.org/cgi-bin/methprimer/methprimer.cgi

基因合成：

在线引物设计

网址

GeneDesignhttp://baderlab.b me.jhu.edu/gd

Gene2Oligohttp://berry.engin .umich.edu/gene2oligo

TMPrimehttp://prime.ibn. a-star.edu.sg

DNA Workshttp://helixweb.n ih.gov/dnaworks

引物设计的基本原则是什么？

1) 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。

2) 引物长度一般在15-30碱基之间。(特殊的可以到60bp)

3) 引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。

4) 引物3′端要避开密码子的第3位。

5) 引物3′端不能选择A、T，最好选择G、C。

6) 碱基要随机分布。

7) 引物自身及引物之间不应存在互补序列。

8) 引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。

9) 引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。

10) 扩增产物的单链不能形成二级结构。

11) 引物应具有特异性。