Archival single-cell genomics reveals persistent subclones during DCIS progression
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背景：原位导管癌（DCIS）是侵袭性乳腺癌的常见前兆，但对其基因组进化和复发相关机制了解不足。
原位导管癌（DCIS）是乳腺癌的一种非侵袭性前兆病变。它是在乳房内管道（导管）内形成的异常细胞群，这些细胞看起来像癌细胞，但尚未侵入周围组织。
DCIS通常通过筛查乳房X光检查（乳腺X线摄影或乳腺钼靶）来发现，不会引起明显的乳房肿块或其他症状。它被认为是早期乳腺癌的一个阶段，并且有可能逐渐发展为侵袭性乳腺癌。
尽管DCIS本身并不具有生命危险，但约20%的DCIS会在15年内复发或进展为侵袭性乳腺癌（即使进行了局部治疗）。因此，对DCIS的研究非常重要，以更好地理解其进化和复发机制，从而改善诊断和治疗策略。
然而，由于DCIS的非侵袭特性，研究人员在获取匹配的原发性和复发性DCIS样本方面面临着挑战。此外，由于对FFPE样本（福尔马林固定石蜡包埋）的限制，以及DCIS细胞克隆多样性的复杂性，以往的研究仅限于使用同步DCIS侵袭性组织或不匹配的DCIS和侵袭性癌症对的单时间点样本。
因此，开发一种能够在FFPE样本中进行基因组分析的高通量单细胞DNA测序方法，可以帮助科学家更好地了解DCIS的进化过程以及与复发相关的亚克隆关系。
问题：目前对于DCIS的进化模型和复发相关的亚克隆存在争议，需要更深入的研究。
方法：研究人员开发了一种与FFPE样本兼容的高通量单细胞DNA测序方法，称为Arc-well。他们分析了来自细胞系、冷冻组织的单细胞以及储存了多年的乳腺、肺和前列腺肿瘤的FFPE样本。此外，他们对10名匹配DCIS和复发的癌症患者进行了分析。
结果和讨论：研究结果显示，许多原发性DCIS已经发生了全基因组加倍和克隆多样化，并且在复发中它们与持续的亚克隆共享基因组谱系。进化分析揭示了大多数DCIS经历了进化瓶颈，并确定了与复发相关的持久亚克隆中的染色体畸变。
总结：研究人员开发了一种与FFPE样本兼容的高通量单细胞DNA测序方法，用于研究DCIS的基因组进化和复发机制。他们的研究结果揭示了DCIS的克隆多样性和与复发相关的持久亚克隆。这些发现有助于更好地理解和预测DCIS的发展和复发过程。
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