业务系统与电子印章系统结合的一般模式是这样的:印章系统通过PKI等技术手段将数字签名等安全数据以印章的形式嵌入到业务系统的业务数据中，这就是所谓“盖章”；印章随着业务数据在业务系统中流转，到了需要的环节，系统同样调用PKI技术对印章里的数据和业务数据进行运算对比，以确定业务数据的来源和真伪，即“验章”。这个过程是最具有普遍意义的应用过程，当然可能在具体应用中会有相应变化和调整，如下图所示。
在具体结合的结合方式上，也有两种选择：对于大部分G2G应用，如OA和公文交换系统，由于传输的业务数据就是公文，所以电子印章系统可以通过完整的盖章客户端软件与业务系统结合，将盖章和验证的过程直接在公文的编辑环境中完成，比如Word,而对于业务系统来讲这些都是透明的，其流程不会仅仅因公文盖有印章而改变。这种结合方式下业务系统的二次开发工作比较少。
另外一种情况是业务系统不是流转公文G2G应用，而是流转各种业务数据，比如合同、申报数据、审批表格、纳税单等等的业务系统。由于业务系统情况千差万别，不可能用一个盖章软件与其结合，因此印章系统提供二次开发接口，系统调用这些接口，实现电子印章的应用。
电子印章也可以不与任何业务系统的结合。用户可以通过存储介质拷贝，网络传输和邮件传递等方法交换传递盖章文档。但其本质上也是符合这样一个应用流程的。
用户只需安装电子印章客户端软件，就可以直接在业务系统上使用印章，这种方式是最简便快捷的结合应用方式。具体内容看参见一文。
网页签章应用又可以分为前端结合、后端结合以及前后端结合三种方式。
在这种方式下一般需要在Web页面里嵌入ActiveX控件，实现签章及验证功能。所以业务系统需要二次开发，一方面是在前端页面里调用控件，另一方面在后台要实现页面电子签章数据的存取。下面以Web表单印章为例介绍业务系统结合方法：
1、用户终端安装电子印章客户端或相关控件包；
2、在需要实现印章功能的页面上引入电子印章控件，并通过脚本调用控件相关方法；
3、根据页面修改数据库和后台处理过程，实现签章数据的存取。在这一步里，可以将页面里的印章控件看成新增的表单字段，在数据库中相对应数据表增加对应字段存储印章控件的数据；
最后形成这样的应用流程：前端页面通过调用控件接口实现签章，并通过控件接口返回签章数据连同表单一起提交给后台；后台将数据保存到数据库数据表的各个对应字段。打开表单时后台系统从数据表中返回相应数据到前端页面，页面调用控件接口将对应数据传入控件，控件显示印章并返回验证结果。
可以看到，上述前端结合方式必须使用IE内核浏览器，这并不太符合现在的浏览器发展趋势。因此还有一种使用后端结合的方式，即签章功能发生在后台服务器前端不需要安装程序或控件。在这种方式下，仍然需要对Web页面进行二次开发。但签章、验证等动作在服务器端执行，页面只负责接受操作指令和显示操作结果。由于这种方式可以支持跨浏览器使用，特别是适用于各种移动终端。并且可以做到在不同操作系统和浏览器之间查看与验证印章。
但话说回来，纯粹的后端结合应用方式里数字签名操作是发生在服务器，那就要求用户的密钥存在服务器端，这并不符合密码学里私钥永远不出KEY的原则。因此，后端应用只能适用于部分场景，如G2B业务中，政府部门对签发的文件批量签章。
对于网页签章，如果既需要使用非IE浏览器，又必须使用客户端的USB Key证书，那这里可以使用前后端结合的解决方案。可以这样理解：签章过程还是在后端完成，但涉及到数字签名时，后端通过回调方式由前端页面完成，页面将签名结果返回给后端。前端页面在实现数字签名时，可以采用伪协议或本地服务方式实现非IE内核浏览器的应用。
另外需要说明的是，在具体应用中，还有一种常见场景是业务系统需要实现的文档上（如Word、PDF）的电子印章应用，但文档是通过文档控件嵌入集成到业务系统的页面里。这种方式下仍属于客户端签章应用方式，如果没有特别的需求，业务系统不需要进行二次开发，在终端安装电子印章客户端软件即可。
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