鉴于多个国家陆续确认到新冠病毒的变异体，日本政府决定出台方针，暂停此前与11个国家和地区实行的相互放开商务人士往来的措施。这意味着除特殊情况外，日本将全面禁止外国人入境。
此外，根据紧急事态宣言将加强应对措施，机场的检疫所从13日开始，要求从海外入境和回国的所有人提交检查证明书。
到目前为止，对于从海外回国的日本人和从部分地区入境的外国人，日本政府没有要求他们提交检验证明书。
不能提交证明的情况下，将在检疫所确保的住宿设施隔离，在入境后第3天进行检查，即使是阴性，也要求在自己家中隔离14天。
这些措施将持续到紧急事态宣言解除为止。
13日，日本首相菅义伟在全国新型冠状病毒感染扩大的政府对策总部会议上，根据流感特别措施法，将“紧急事态宣言”的对象地区扩大到大阪、京都、兵库、爱知、岐阜、栃木和福冈等7府县。宣言从14日开始到2月7日结束。东京、神奈川、埼玉、千叶等4个都县已经从本月8日开始再次发布了宣言。因此，这次的紧急事态宣言对象地区扩大到包括3大都市圈在内的11个都府县。
东京都政府公布，截至1月13日，东京都13日新增新冠病毒确诊病例1433例。继1月6日确诊1591例，创下周三单日新增确诊病例的最高纪录以来，13日的新增病例数达到了周三的第二高位。
至此，东京都累计确诊病例达7万8566例。
日本政府向媒体透露的消息称，政府将从3月份开始，在大城市的繁华街区和机场等人流量较大的场所实施大规模的新冠病毒核酸检测。
本次检测将面向非特定人群随机实施，检测方式为唾液检测等相对简单的方式，且被检测者无需支付检测费用。但是否需要预约等具体信息目前尚不清楚。
尽管日本当前感染人数快速增加，但政府并未实施积极的核酸检测，甚至连出现症状的人都难以得到及时快速的检测。
接下来，日本政府希望通过对没有感染症状的人群实施大规模的检测，以掌握日本的新冠病毒感染情况，进而制定相应的防疫措施。
13日，日本政府在与执政党和在野党讨论新型冠状病毒对策的联络协议会上说明，根据感染症法的修改案，对于拒绝住院的感染者，预计将处以1年以下的有期徒刑或100万日元以下的罚款。
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