6月4日，据日本NNN新闻报道，上月从北非地区回国的一名50多岁男子被怀疑感染日本国内未发现的“C36”新冠变异病毒。
上个月中旬该男子从北非地区回国，最初机场检疫结果为阴性，但在家中隔离的过程中出现感染症状，经检测后被发现感染了具有印度型特征的“L452R”变异病毒。但是，经东京都的研究中心进行调查后，发现该病毒很可能是至今为止在日本国内尚未确认的“C36”变异株。
迄今为止，“C36”变异病毒已在欧美和非洲等多地被确认，东京的负责人表示，过去在机场的检疫中也有过被确认的例子。
东京都表示将与中央政府合作，进行详细的基因组解析。
除了东京之外，据NHK新闻报道，最近在神户最初发现的变异病毒，已经扩散到4人，此次在神户被确认的变异病毒，据称与在英国传播的变异病毒相同的“N501Y”变异，以及被认为有可能削弱疫苗效果的“E484Q”变异。
截止6月4日东京时间19：30，日本全国单日确诊2595人感染新型冠状病毒，东京472人感染，大阪189人，北海道203人，冲绳247人。
上野动物园(东京都台东区)4日宣布，雌性大熊猫真真(15岁)出现怀孕征兆。如果怀孕情况属实，这将是继2017年的香香(雌性)之后真真再有喜。但，上野动物园也表示，也有可能是“假怀孕”，需要继续观察。
据悉，熊猫的妊娠期约为80 ~ 200天。3月6日，“真真”被确认与雄性“俪丽”(15岁)有交配。“真真”从5月23日左右开始减少了吃竹子的量，增加了休息的时间，出现了怀孕时的征兆，尿液中的荷尔蒙值也发生了特异性的变化。。
目前，上野动物园因新型冠状病毒疫情而休园，4日重新开始营业，这段时间真真将中止对外开放。
时隔约5个半月，上野动物园重新开园，作为上野动物园的明星“熊猫香香”也将在6月12日迎来4岁的生日。上野动物园这是为了庆祝香香生日，在采取疫情感染对策的情况下，从下周开始销售以熊猫为主题的寿司和甜点等限定美食，据报道，香香归还中国期限将延长到今年年末。
据日本厚生劳动省4日发布的人口动态统计数据，2020年日本新生儿数量为84.83万，较上一年减少2.44万，是日本自1899年有统计以来出生人口最少的一年。日本少子化趋势进一步加剧。
数据显示，2020年的日本每位女性一生中平均生育子女人数指标“合计特殊出生率”降至1.34，较上一年减少0.02，连续5年下降。
此外，2020年日本办理结婚登记的有525490对，较上一年减少73517对，创下二战以来结婚数最低纪录。日媒分析，2020年新冠肺炎疫情极大地改变了人们的生活。2020年新生儿人口减少仅是新冠肺炎疫情影响的开始，2021年这一影响预计更加明显。
另据日本厚生劳动省发布的相关报告，日本2021年1至3月新生儿数量较上年同期减少9.2%。有专家预测，按照这一速度推算，2021年日本新生儿数量很可能跌至70万左右。
围绕东京奥运会和残奥会的举办，日本政府分科会的尾身茂会长在4日表示，在日本政府等决定奥运入场观众的上限之前，将独自发表建议。
日本政府对于入场观众的上限，将于20日以后决定。据日本共同社2日报道，尾身周三曾表示，在新冠疫情大流行期间举办今年夏天的东京奥运会和残奥会是“不正常的”。
在距离东京奥运会开幕进入50天倒计时的前一天，尾身茂在日本议会一个委员会上说:“在目前的情况下，(举办奥运会)是不正常的。”他说:“如果在疫情期间举行（奥运会），组织者有责任尽可能的缩小规模，并加强管理体系。”
不过从目前情况来看，无论感染情况如何，日本奥运会和残奥会都会举行。虽然引起不少外界批评。
但，国际奥委会副主席约翰·科茨(John Coates)上个月也表示，即使东京处于紧急状态，奥运会也能如期举行。
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