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多重PCR引物设计示范

有同行使用iCubate2.0以后不知到下一步如何做,这里试图介绍一下我们的经验。
iCubate2.0现阶段的一个局限就是没有做Sequence Alignment,不能帮助找到靶基因的保守区。这个功能以后会加进去的,现在可以通过程序外面的一些运作来解决。下面的例子是假设我们要给一个大肠杆菌毒素基因设计引物。步骤如下:
(1)google找到相关论文。 用关键词“PCR, E coli' 来google, 就会得到如下结果,选择一篇论文。

(2)从论文中得到靶基因的信息。把靶基因片段的信息拷贝出来,再去GenBank做“钓鱼”找到靶基因的完整信息。


(3) 到了NCBI网站后选择Blast.

(4) 再选nucleotide blast.

(5)然后把前面论文中找到的靶基因片段贴到序列框中。注意选择非人类数据库做比较。然后按Blast。这个动作的目的是通过一个引物或者探针的短序列,得到特异性靶基因的长序列。

(6)得到许多同源基因序列后选择一个比较全面的文献打开。把完整的靶基因拷贝出来,再用这个序列做下一轮的Blast,目的是做同源基因的列比,找到保守区来设计成功率高的引物。
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