1825年，法国传教士罗热洛（Rogerot）乘坐泰蒂斯号（Thétis）来到沱㶞港（今岘港），在各地传教。这引起了明命帝的高度关注。不久，明命帝下达禁教令，声称：“西方之道为左道，迷惑人心，败坏风俗，故应严禁之，以使吾民信奉正道。”又命令各地官员严格盘查入境的外国船只。嘉定总镇黎文悦上书明命帝，希望放宽对基督教的政策；明命帝便将全国各地的传教士召到顺化，将他们禁锢在顺化皇城里，让他们翻译法国书籍，以防止他们外出传教。同年，又下令全国天主教徒必须放弃信仰，并奖励捕获传教士的人。
由于在1833年的黎文𠐤之乱中，越南的天主教徒公然参与叛乱，并且还声称拥立故太子阮福景的儿子阮福美堂[注 9]为越南国主，使明命帝更加深切感受到天主教徒对其皇位的威胁。自1834年至1838年，明命帝取谛天主教的情况越见严厉。据教宗利奥十三世于1900年5月7日公布的公函《最强壮的勇士们》（Fortissimorum virorum），在明命帝在位期间，越南天主教殉道者名单人物，多在1838年被越南阮朝政府处决。
纵观越南阮朝诸君主中，以明命帝及其孙嗣德帝阮福时对禁绝天主教的态度最为严厉。正因为禁教的严厉态度，明命帝在西方世界常常以暴君的形象登场，被称为“东方的尼禄”。
黎文𠐤之乱被平息之后，明命帝下令捣毁了黎文𠐤的据点藩安城，易地重建。同年，都察院官员潘伯达上奏嘉定总镇黎文悦生前存在众多不法行为。此后，大臣何宗权、阮知方、黄炯等纷纷奏称黎文悦生前图谋不轨。明命帝派武春谨铲平了黎文悦的坟墓，在其原址上竖立“权阉黎文悦伏法处”的石碑。没收财产，其亲族判斩监候。
次年，又有吏部左侍郎黎伯秀追参北城总镇黎质生前不法之事，声称黎质在北城期间专行不法，并阴谋推翻明命帝。明命帝命人铲除了黎质墓，在其原址上竖立“奸臣黎质伏法处”的石碑。没收家产，其亲族亦判处斩监候。
在阮朝建立前，柬埔寨已受到暹罗和广南阮主政权两者多年的蚕食，国弱民贫，正步向和占城国一样沦亡的后尘。
1834年，明命帝乘黎文𠐤叛乱之机，以“保护”柬埔寨为名，派遣大将张明讲侵占柬埔寨。此后张明讲驻守南荣城（今柬埔寨金边），以监督柬埔寨内政，安江巡抚黎大纲又建立安蛮堡以驻守军队。
同年，柬埔寨国王安赞二世病死。因其无嗣，张明讲于1835年奏请立安赞二世之女安眉（越南史料称“玉云”）为“高绵郡主”，以荣龙、罗坚代掌国印，张明讲、黎大纲权监国事。安眉仅为傀儡，实权完全由张明讲、黎大纲掌握。此后，越南在柬埔寨地区实施“改土归流”，将柬埔寨首都金边改称为镇西城，设置了32府2县，委派越南文官直接管治柬埔寨地区。
由于越南阮朝一直视柬埔寨、暹罗等国为未开化的蛮夷，因此阮朝首先援引占城国旧例，在柬埔寨厉行越南化政策。
高棉人首先要改汉姓，写汉字，将柬埔寨各地方换上汉字名字。将柬埔寨的军队按越南编制改制，军官全由越南人担任。在以高棉人为主的守备军中，又安插装备先进的越南籍官兵。每当发生战争，便让高棉士兵冲在前面，由配备枪支的越南籍士兵在后面压阵。
此外，越南阮朝亦逼使柬埔寨百姓易服蓄发，以及采用越南百姓的风俗习惯，包括柬埔寨百姓需要穿着褐色或黑色的交领布衣和长袍，柬埔寨本地官员必需穿戴越南官员的纱帽圆领，并强制柬埔寨男子梳越南人的发式，像越南男人般蓄发绾髻。
另一方面，对于柬埔寨百姓信奉的上座部佛教（亦称南传佛教），越南阮朝亦对其不抱好感，下令逼使当地僧侣还俗，也下令毁坏上座部佛教的寺庙。
1840年，阮朝更是派遣黎文德为钦差大臣，尹蕴为副大臣，在柬埔寨征收税收、丈量土地、监督贸易，协助张明讲直接统治柬埔寨。大量越南人涌入柬埔寨耕田，驱逐并侵占了高棉人的土地。1841年，张明讲为断绝柬埔寨王室的人望，又将安眉掳往嘉定（今越南胡志明市），荣龙、罗坚流放到北圻。
虽然阮朝官方编纂的《大南实录正编》宣称：“自此腊人衣服器用多慕汉风、蛮俗渐改革矣”，但事实上，阮朝对柬埔寨的侵略和压迫导致柬埔寨人的不满。僧侣、贵族、百姓等也纷纷起兵争取复国，张明讲、黎文德不时领兵讨伐柬埔寨境内叛民，但柬埔寨人的起义仍此起彼伏。在得知安眉被掳到嘉定之后，流亡暹罗的王子安东（匿螉𧑒），在暹罗军队的支持下回到柬埔寨，发动反对阮朝的起义。明命帝又派遣阮公著、阮进林率大军进入柬埔寨，但仍无济于事。
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