亚历山大发觉不少他的总督和地方军事长官趁著自己远征印度时胡作非为,他在前往苏萨的沿路上处死数个官员杀鸡儆猴。在他返回波斯时,亚历山大也发现帕萨尔加德居鲁士大帝的陵墓遭到洗劫,他迅速命令他的建筑师阿里斯托布鲁斯把陵墓修回原状,还把陵墓的守卫严加审问试图抓住盗墓的匪徒。亚历山大相当欣赏居鲁士,他幼年时读过色诺芬所著的《居鲁士的教育》(Cyropaedia),提到居鲁士在战场上的英勇事迹以及当上国王后的统治风格和立法情形。
在苏萨,亚历山大为自己帝国的未来画下蓝图,为了企图融合马其顿人和波斯人等东方民族,他于当地举办一场大型联合婚礼,不仅让他的马其顿、希腊高级官员与波斯等其他东方贵族之女结婚,也为马其顿士兵与东方民族的妇女结婚,自己更是带头与波斯大流士三世之女斯妲特拉二世、波斯王室的帕瑞萨娣丝二世成婚。然而,对于一些马其顿贵族而言,他们并不是真心愿与波斯贵族之女成亲而是受命,在亚历山大死后许多人抛弃东方的妻子。之后率兵往巴比伦前进。
当军队来到俄庇斯(Opis),亚历山大为了感谢马其顿士兵们多年的辛劳,他免除士兵们积欠的债务,他还宣布,许诺给与马其顿老兵庞大的财物且光荣地送他们衣锦还乡。然而,返乡这一措施引起马其顿人的误会,认为亚历山大一味亲近东方人而准备将曾经与他出身入死的马其顿士兵解散遣返,他们原本就对亚历山大的亲东方政策和模仿东方风俗、礼仪很感冒。马其顿人当场在全军的集会中群起向亚历山大抗议,并嘲笑亚历山大崇拜古埃及神祇阿蒙的行为。亚历山大当场命卫兵把带头者抓去处死,震惊全场,他随后向全军发表演说,他细数从父亲腓力二世起至他自己对马其顿人的贡献和功业,还强调他多次不畏危险与大伙带头冲锋,得到的战利品也多把财宝给予马其顿人,最后他嘲讽马其顿人,说你们返回家乡后可以光荣地说自己安全回来了却把国王丢弃了。尽管如此,马其顿人听完并不完全释怀。
气愤遭到自己人抛弃的亚历山大,他在三天内把自己关起来拒绝见客,随后他赌气地命波斯贵族接管一些事务,并组建由东方民族所构筑的军事单位,并且依照马其顿方式为这些新编单位命名。很快地马其顿人回心转意,他们向亚历山大请求宽恕,而亚历山大也同意了,并举办大型宴会与马其顿人和解,后来亚历山大命他最有声望的将军克拉特鲁斯带领马其顿老兵返乡。
之后,亚历山大前往米底亚的埃克巴坦那去接收大量的波斯财宝,在那里他最亲近的挚友赫费斯提翁突然得了急病病逝,对此亚历山大非常伤心,他悲恸三天不吃一点东西,甚至还悲愤到把赫费斯提翁的医生处死,甚至还有许多反常的行为。最后亚历山大在巴比伦建造造价高昂的火葬台,为赫费斯提翁举办隆重的大型丧礼,以资纪念。之后亚历山大让赫费斯提翁的部队保留他的名号,表示纪念。
当亚历山大逐渐从悲伤中走了出来,回到巴比伦的他开始计划新的远征行动,他把矛头指向尚未征服的阿拉伯半岛。然而,就在远征前夕他的健康忽然恶化。
前323年6月10或11日,亚历山大逝世于巴比伦城尼布甲尼撒二世的王宫之内,年仅32岁。后人因亚逝于大军归途回希腊,巴也在印度西方,即佛教出现西方极乐世界,驾鹤西归的人逝世的隐语,巴也是亚历山大军们的狂欢休乐站,关于他死前前几日的活动,史书上有些些许不同,普鲁塔克记载约在去世14天前他与舰队司令尼阿卡斯和一同饮酒狂欢,接者整个晚上至第二天整天又与迈迪亚斯喝个痛快,接着亚历山大发了热病,病情最后相当恶化,在这段期间内马其顿士兵们很担心且焦虑他的健康状况,还传出亚历山大已死的谣言。在士兵鼓噪后,在亚历山大去逝前几日他们被允许可以探望国王。当士兵们排成一排鱼贯从亚历山大病榻走过,此时亚历山大已经病到无法言语,只能点头示意,向士兵们表达欢迎。阿里安记载的类同普鲁塔克,他们都引用《王宫日志》的记载。另外,狄奥多罗斯则是记载另一种不同版本,说亚历山大在纪念海克力斯的祭典中用大杯子喝了太多未稀释的酒,突然产生剧痛而发出惨叫,在11日承受痛苦而渐渐衰弱,他并没有发展成热病,最后因痛楚过世。然而,普鲁塔克特别否认这个的情节是杜撰,非真实。
除外,亚历山大的早逝也给了国王是被马其顿贵族所谋杀的可能性。数个古代史料如狄奥多罗斯、普鲁塔克、查士丁和阿里安他们全都提到有关亚历山大被毒杀的传言。查士丁认为亚历山大是被安提帕特集团的阴谋所毒杀,普鲁塔克提到当时没人想到是毒杀,毒杀的传言是继业者战争时才透露出来,并且被广为流传。狄奥多罗斯提到安提帕特是主谋,他还记载亚历山大死后他和他儿子卡山德掌握整个马其顿和希腊本土,使得当时的人畏于权势而无法记载毒药的成分。至于阿里安他仅是为求记史全面而写下这一说法,只是代表他知道还有毒杀的传言,但他不采信毒杀的说法。传言这个阴谋是安提帕特所主导,并设计整个事件,他的动机也相当充足,他与亚历山大母后奥林匹亚丝不合许久,且奥林匹亚丝常写信给亚历山大说安提帕特坏话,在事件发生前亚历山大前命令克拉特鲁斯前往马其顿去取代安提帕特的位子,且亚历山大曾命安提帕特前来巴比伦,但被他拖延。很可能安提帕特想起帕曼纽和菲罗塔斯之死而心生恐惧,担心前去巴比伦只有死路一条。根据狄奥多罗斯和阿里安记载,安提帕特设计让自己儿子伊奥拉斯执行下毒,当时伊奥拉斯就在巴比伦且是亚历山大的“举杯人”,负责帮亚历山大倒酒,毒药则是卡山德从欧洲送到巴比伦的。另外,这传言中还提到亚里士多德是毒药的制作者,是他向安提帕特提议毒杀亚历山大。
对于反驳毒杀说的重要论点是,事实上很难有毒药从毒发到死亡需经历12天以上,如此长时间才有效的毒药很可能不存在。然而,在2003年的BBC的纪录片调查亚历山大的死因,新西兰国家毒物中心(National Poisons Center)的学者里奥·谢普(Leo Schep)认为,这个毒物是白藜芦(Veratrumalbum),在古代就被古希腊人所知,很可能就是这毒物掺入酒中毒死亚历山大。在2014年的学术期刊临床毒物学(ClinicalToxicology)上,学者里奥·谢普进一步建议亚历山大是被掺入白藜芦的毒酒所杀,且白藜芦所造成的中毒影响,都符合《亚历山大大帝传奇》(AlexanderRomance)记叙中亚历山大之后的症状。白藜芦也拥有长时间毒发过程,这使得亚历山大如果是被毒杀的话,那白藜芦则是最有可能的毒物之选。除此之外,在2010年时还提出对亚历山大之毒杀论点另一项可能的解释,且吻合亚历山大之死的状况,认为亚历山大是喝了从希腊斯堤克斯河的河水而中毒,在今日伯罗奔尼撒的玛罗内里河(Mavroneri),这条河的河水在古希腊时被认为有剧毒,因为河水中的细菌产生危险致命的化合物卡奇霉素(calicheamicin),亚历山大死前的症状与卡奇霉素中毒相吻合。
除了毒杀以外,有关亚历山大病逝的可能病因也有数个可能,其中包含疟疾和伤寒。在1998年的学术期刊新英格兰医学杂志上,刊登一篇论文关于亚历山大之死,并归于他的死因是伤寒并发肠穿孔(bowel perforation)和瘫痪。近年,另一份分析则是建议病因是化脓性脊椎炎(spondylitis)或脑膜炎。其他符合症状的病因还有急性胰腺炎(acutepancreatitis)和西尼罗河病毒。因病而去世的论点中,也多会强调亚历山大在多年的酗酒和受过多次重伤后,身体的健康状况逐渐下滑,在最亲密好友赫费斯提翁剧逝之后所带的苦痛,也严重影响亚历山大的健康。
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