肠球菌属（学名：Enterococcus），革兰氏阳性球菌。经常以成对（双球菌）或短链方式存在，故从形态上与链球菌属很难区分。在人类肠道里有两种常见的偏利共生肠球菌：粪肠球菌（Enterococcus faecalis）约占90-95%和屎肠球菌（Enterococcus faecium）约占5-10%。其他人体中较少见的菌群还有E. casseliflavus、E. gallinarum和E. raffinosus。肠球菌因为能生成抵抗药物的物质，使它们不容易被抗生素杀死，且容易散播抗药性并可在恶劣环境中生存，故近年来已成为临床感染的重要致病菌之一。尤其是E. faecium经常对氨苄青霉素（ampicillin）及万古霉素（vancomycin）具有抗药性，是所有肠球菌感染症中最难治疗的。
肠球菌是一种移生在肠道的革兰氏阳性菌，故名肠球菌。在19世纪末发现，早期归为链球菌属。1930年代中期，依兰斯菲尔德血清分型（Lancefield classification），肠球菌被归类为D群链球菌（GroupD Streptococcus），但是与非肠球菌的D群链球菌，如Streptococcus bovis，在生化特性上有相当大的差异。直到1984年，基因体DNA分析指出肠球菌和链球菌的不同，而将肠球菌独立成为一属。
肠球菌在显微镜下典型的排列为成对或短链状，很难与肺炎链球菌区别。肠球菌是兼性厌氧菌，可在有氧和无氧的环境中生长。虽然肠球菌不能形成孢子，但他们对于生长环境却有很高的耐受性，例如可在下列环境中生长：温度10-45℃、酸碱度pH 4.5-10.0、高盐浓度6.5%NaCl或40%胆汁。最适宜生长温度为35℃，24小时培养可以形成白色菌落。
肠球菌在临床上引起的重要感染包括泌尿道感染、菌血症、心内膜炎、憩室炎和脑膜炎等。敏感性菌株的感染可用氨苄青霉素（ampicillin）、青霉素（penicillin）和万古霉素（vancomycin）治疗。泌尿道感染则可用呋喃妥因（nitrofurantoin）进行特异性治疗，即使在万古霉素抗药性的情况下。
从医学观点来看，肠球菌的一个重要特性是具有高度的先天抗药性。一些肠球菌对β-内酰胺类抗生素（β-lactam，如青霉素、头孢菌素（cephalosporin）、碳青霉烯（carbapenem）及许多氨基糖苷类抗生素（aminoglycoside）具有抗药性。尤其是过去20多年来，抗万古霉素肠球菌（Vancomycin-Resistant Enterococcus，VRE）在院内感染患者逐渐被检出，尤其是在美国[10]。抗万古霉素肠球菌可用奎奴普丁/达福普丁（quinupristin/dalfopristin）来治疗，约有70％的患者会达到治疗效果，若与去氧羟四环素（doxycycline）合并治疗，可降低抗药性发生的机会。老虎霉素类抗生素（tigecycline）也已证明能用来治疗肠球菌感染，如利福平（rifampicin）。
2008年的一研究分析了欧洲各国（北欧、英国、爱尔兰、法国、中欧、南欧、东欧、荷兰）抗万古霉素肠球菌的发生与流行，并对临床上预防抗万古霉素肠球菌的方式提出建议。此篇文献认为，E. faecium的氨苄青霉素（ampicillin）抗药性可做为抗万古霉素肠球菌风险一个很好的筛检方法；对于分析E. faecium的基因差异（如esp基因、pruK基因）则属次要的方式，因为这些基因学的特征并非在所有抗氨苄青霉素（ampicillin）的E. faecium皆有一致的表现。也就是说，若没有检测出这些基因变异，并不能证明E. faecium菌株不会有扩散或导致疾病的风险。世界卫生组织（WHO）在2017年初将抗万古霉素肠球菌列为“高度威胁”的致病菌。
肠球菌性脑膜炎是神经外科上罕见的并发症。它一般需要透过静脉或鞘内万古霉素来进行治疗，但是治疗效果仍有争议。新的流行病学证据显示，肠球菌亦是慢性细菌性摄护腺炎的主要感染因子，肠球菌会在摄护腺中形成生物膜，使其难以治疗。
除了抗药性，肠球菌也会生成许多毒性因子，毒性因子是作用于人体且会引发许多病灶，甚至造成严重疾病的物质；这些因子皆增加了肠球菌对人体的致病力。
美国国家院内感染监视系统（NNIS）所建置的国家健康照护安全网络（NHSN）统计发现，肠球菌是院内感染的第二大病原菌，且位居医疗照护相关血液感染比例的第三位，显示肠球菌抗药性所隐藏的致病风险。
肠球菌是人类和许多动物的一种肠道共生菌，粪肠球菌和屎肠球菌是最常见的菌种，这两种肠球菌已有许多研究证明其促进人体和动物（猪、家禽等）健康的功效，因此在保健食品的应用上普遍被作为益生菌使用。在肠道中，肠球菌会抢夺病原菌的生存空间，这时即使不小心吃入了病原菌，这些病原菌也没办法留在肠道中，大幅降低了它们的致病力。此外，肠球菌具有抵抗消化液的能力，作为益生菌食用时，因不容易被消化液分解，所以能有更多的菌量到达肠道，使其更容易发挥改善肠道健康的作用；因为这些特性，所以肠球菌是常见的益生菌选择之一。
早在1980年代，肠球菌就被使用来治疗细菌性腹泻，当时被认为是药物治疗以外的另一种选择，主要因为肠球菌在肠道内生长快速，并可抑制其它致病菌，例如大肠杆菌的生长，因此能减缓腹泻的症状。除了细菌性腹泻，肠球菌也被证实能用来预防药物型腹泻；当服用抗生素时，肠道的菌群会因此失衡，一些致病菌就会趁机繁殖，进而造成腹泻等症状，肠球菌可避免服用抗生素时的不良反应发生。所以将具有抗药性的肠球菌作为药品，连同抗生素一同使用，达到治疗效果的同时，也可以避免副作用的发生。
1998年美国一项研究发现，肠球菌在肠道聚集生长的过程会产生相当可观的自由基，这些自由基很可能导致肠黏膜细胞不正常增生，进而引发大癌直肠癌的风险。
肠球菌具有很强的抗药性散播能力，造成原本可以被杀死的细菌变成杀不死，因此不被认为是一般公认安全（Generally Recognized as Safe，GRAS）的菌种，作为益生菌使用仍有安全上的问题，特别是在细菌感染、免疫力低下的患者和老年人身上。除了抗药性的散播能力，肠球菌也可能散播毒性因子，增加了肠球菌在食品应用上的疑虑，故肠球菌作为益生菌原料的安全性必须审慎评估。
肠球菌因抗药因子和毒性因子的高度散播能力，使肠球菌容易获得或传递这些对健康有风险的因子，最后衍生出药物杀不死的病菌，造成了治疗上的困难，显示肠球菌对人体健康的潜在危害。因此，考虑到肠球菌感染在人类流行病学上的进展，以及肠球菌对人体健康可能具有的风险， 世界卫生组织（WHO）在2002年提出报告不建议肠球菌作为益生菌提供给人类使用，2007年欧洲食品安全局（EFSA）也认为肠球菌并非属于合格认定安全（Qualified Presumption of Safety，QPS）的菌种，2011年美国食品药品监督管理局（FDA）的乳制品指导方针草案也不建议将肠球菌作为益生菌使用。中国、加拿大等国也禁止或不建议肠球菌作为益生菌成分。根据许多研究结果及主要国家的安全评估，肠球菌作为益生菌对人体健康的不良影响无法完全排除，因此禁止或有条件的使用是有其必要性的。
肠球菌专家、美国哈佛大学医学院的MichaelS. Gilmore博士团队在其所撰写的《Enterococci》一书中，除了提及美国FDA与欧洲食品安全局不建议使用肠球菌作为益生菌给人类食用之外，更写到肠球菌必须确定无毒性因子以及必须以活体试验（in vivo）证明不具有基因水平转移的能力（会导致抗药性的散播）才可以作为益生菌食用；然而，到2014年为止，科学界并没有发现不具基因转移能力的肠球菌菌株。有研究显示一些从食物分离出来的肠球菌可能藏有毒性因子，但毒性的显现却并非由特定的毒性因子所掌控，而是由更复杂的过程所导致。。因此，肠球菌作为益生菌使用仍有相当大的争议，想借由食用这类益生菌来促进健康的同时，也不应忽视肠球菌对人体健康的不良影响。
目前肠球菌应用于医药级的药用益生菌（pharmaceuticalprobiotics）主要在欧洲与亚洲部分国家通过上市。市面上以屎肠球菌（E. faecium）作为药用益生菌的安全菌株，主要源自于瑞士原料药厂Cerbios-Pharma SA所研发的Enterococcus faeciumSF68®（cernelle 68）菌株。德国、台湾与日本的药厂则多半以粪肠球菌（E. faecalis）研发安全菌株制成药用的益生菌。
瑞士Cerbios-Pharma SA药厂获得cGMP制程认证，专精于研发与生产医药等级的益生菌，主要销往欧盟各国、美国、日本、韩国等生技市场。在肠球菌的部分，研发Enterococcus faecium SF68®活性屎肠球菌，并通过双盲临床药物测试，用来预防与治疗肠道相关的病症。
法国Sanofi药厂的Bioflorin®、巴基斯坦RGPharmacutica药厂的Newflora®与韩国东丘（DongKoo）药厂的Ventrux、Bio-Balance都是使用瑞士Cerbios-Pharma SA药厂的SF68®菌株。台湾有厂商输入韩国东丘药厂的卫乐舒散（卫署药输字第021237号），卫乐舒药品仿单上为SF68®菌株，然而卫福部食药署的许可证内容却标示菌种为粪肠球菌（S. faecalis），此出入仍有待查证当中。
德国SymbioPharm GmbH药厂研发E.faecalis DSM 16440菌株，开发Symbioflor® 1与Pro-Symbioflor®等药用益生菌，除了可改善肠胃不适的症状，也可强化免疫系统，缓解呼吸道发炎，例如鼻窦炎与支气管炎的症状。
台湾制造生产含有肠球菌的药品有百赐益锭Bio-ThreeTablets 及"大丰"固儿美颗粒Goodmin Granules "T.F."，主要用于整肠与治疗消化不良等肠道不适症状。
武田制药的新ビオフェルミンS（欣表飞鸣）也含有粪肠球菌，具有调整消化及整肠的功效。
武田制药的ビオフェルミンR（表飞鸣，菌株129BIO 3B-R）成分含有耐性的粪肠球菌（E. faecalis），用于改善投与抗生素、化学疗法制剂时，肠内菌丛异常所引起的症状，提高对害菌的杀菌效果，进而减少抗生素的使用量，以防止副作用产生。
抗性药品的抗药性并不会转移至人体其他菌丛。ビオフェルミンR即特别强调其抗药性并非由质粒（plasmid）表现，而是由染色体进行混合培养的结果，因此抗药性不会转移至肠道的大肠杆菌及肠球菌等正常菌丛当中。由于其不会导致治疗使用的抗生素失去活性，因此即使抗菌剂存在也会增殖，经由产生乳酸，可改善肠内菌丛的异常，发挥整肠的作用。
目前欧洲食品安全局规定肠球菌E.faecium使用在动物饲料，须通过相关的安全评估，包括了不得检出三种毒性因子和DNA标记：IS16、Esp、hyl-like，以及氨苄青霉素（ampicillin）的最低抑菌浓度（MIC）不得超过2 mg/L，若不符合上述的检验标准，则认定为不安全，此肠球菌不可使用于饲料添加物当中[75]。
水质中的肠球菌标准非常严格，例如在夏威夷州和美国的大部分地区，其海滩周围的水域是每100毫升水中，五个星期的平均值不得超过35菌落形成单位（CFU）的肠球菌，否则该地区可能会发布警告，要求民众远离海滩。2004年，肠球菌更取代了粪大肠菌群和大肠杆菌，成为新的美国联邦公共盐水和淡水海域水质标准。
海滩水质，主要以甲类海域之海洋环境品质标准—大肠杆菌群之菌落数在1000CFU/100mL以下（以下简称“符合甲类”）为判定依据。符合甲类者，再以肠球菌群区分为“优良”或“普通”。当大肠杆菌群≦ 1000 CFU/100mL，且肠球菌群≦ 50 CFU/100mL，水质标准为“优良”。当大肠杆菌群≦1000 CFU/100mL，但肠球菌群＞50 CFU/100mL，水质标准为“普通”。若大肠杆菌群＞1000 CFU/100mL，则“不宜亲水活动”。
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