在认识论上，章太炎继承荀况的" 征知" 说，强调感觉是认识的源泉，而感觉不是主观自生的，它来源于外界事物对感觉器官的刺激，是对外界事物的反映；正常人都具有相同的感觉器官，因而其感觉也相同：" 黄赤碧涅修广以目异，征角清商叫啸喁于以耳异，酢甘辛咸苦涩隽永百旨以口异，芳苾腐獒腥蝼膻朽以鼻异，温寒熙湿平棘坚疏枯泽以肌骨异，是以人类为公者也。"(《訄书.公言》）章太炎进一步指出，当感官没有与外物相接，没有产生某种感觉时，决不能说外界事物不存在，例如，" 不见其火，而不得谓之无色" (同上）。如果感官出了毛病，不能正常反映外界事物，也不能因此认为外界事物没有恒常性。例如，视力正常的人看火焰是红的，但有眼病的人看见火光为青色，决不能因此而认为火的颜色因人而异：" 见者异其光，而不得谓之天恒之色。"(同上）章太炎还指出，人们由于对所处环境的适应程度不同，感觉也会有所不同(例如，喜食酸味的人对一般人觉得酸的东西会不觉得酸），但不能因此而否认被感觉的事物及其性质的客观性和确定性。
在肯定感觉为知识之源泉的同时，章太炎也指出了它的局限性，因此认为需要进一步提到理性阶段：" 夫物各缘天官所合以为言，则又譬称之以期至于不合，然后为大共名也。虽然，其已可譬称者，其必非无成极，而可恣膺腹以为拟议者也。" (訄书.公言》）他认为，感觉器官(" 天官")与外物相接(" 所合")是进行推理、形成概念(" 言")的基础，用推理方法(" 譬称")得到的是抽象性更大的普遍概念(" 大共名")，它尽管与具体感觉不同，但却不是没有客观依据和标准(" 成极")。亦即，理性认识的内容同样不是主观自生的，而是客观的。
章太炎认为，概念的形成必须经过五个阶段，即触(五官同外境相接触）、作意(意识的警起）、受(领纳外境所给予的现象，形成感觉）、想(取境为象，形成知觉）、思(运用思维，考察事物的共同本质，形成概念）。
后来，他又把认识过程概括为三个阶段：" 名之成，始于受，中于想，终于思。" (《原名》）由此出发，他在认识论上既反对先验论，也反对狭隘经验论。例如，他对清初学者颜元注重实际经验、批评理学家脱离实际地以书求道的观点十分赞许：" 自荀卿而后，颜氏则可谓大儒矣" (《訄书.颜学》）。
但同时，他又批评颜元鄙视理论思维的倾向：" 独恨其学在物，物物习之，而概念抽象之用少。" (同上）他指出，如果轻视书本知识，不研究抽象的理论，而只是" 物物习之" ，结果就会像中国先秦和欧洲古希腊时代的哲学家那样，把水或火等具体物当作世界的本源，把特殊的东西当成普遍的原理；长此以往，学术就不会有进步。显然，他对狭隘经验论的这些批评是正确的，更可贵的是，章太炎还提出" 人心之智慧，自竞争而后发生" 的思想，认为" 人心进化，猛晋不已。以名号言，以方略言，经一竞争，必有胜于前者。" (《驳康有为论革命书》）这在中国哲学思想的发展历程中具有重要的意义。
1906年以后，章太炎在认识论上开始抛弃早年的立场。他依据康德先验统觉学说认为，感觉印象" 必有原型观念在其事前，必有综合作用在其事后。" (《四惑论》）而" 原型观念" 则是先天存在于阿赖耶识中的种子，" 藏识中种子，即原型观念也。" (《齐物论释》）如前所述，由于他后期否认世界万物为客观存在，认为整个世界都是从阿赖耶识产生来的，因此相应地，在认识论上他就主张人的认识过程只不过是" 自心还取自心" 的过程，感觉印象等等则全属" 幻有" (同上）。他还提出" 有分别智" 与" 无分别智" ，认为" 有分别智所证，唯是名相，名相妄法，所证非诚证矣。无分别智所证，始是真如，是为真证耳。"(菿汉微言》）这样，他不仅走向了先验论，而且表现出强烈的非理性主义倾向。
章太炎的宗教观与其革命观密切相关。作为鞭挞君主专制、讴歌自由平等的思想斗士，章太炎坚决反对有神论：" 惟神之说，崇奉一尊，则与平等绝远也。欲使众生平等，不得不先破神教。" (《无神论》）因此，他继承荀况、王充、范缜等人的无神论思想，批判了灵魂不死，上帝创世等有神论。
章太炎明确断言，人必须先有" 官骸" ，然后才能有" 神明" ，" 及精气相离而死，则神亦无存。" (《儒术真论》）他依据西方近代自然科学，从根本上否定了天帝、天命以及有意志的主宰之天的存在，宣称" 若夫天与帝，则未尝有矣。" (《訄书.天论》）
在《无神论》一文中，章太炎从逻辑上对基督教神学作了精彩的批驳。基督教神学曾宣称，上帝耶和华无始无终，全知全能，绝对无二，" 故为众生之父"。章太炎逐条批驳道：" 无始无终" 表示超绝时间；但基督教又讲上帝七天创造世界以及世界有末日，既如此，就是有始有终；上帝既创造了世界又要毁灭世界，可见其心起灭无常，" 其心既起灭无常，则此耶和瓦者亦必起灭无常，" 因此上帝并非无始无终。关于" 全知全能" ，他驳斥道：上帝若全知全能，则" 必能造一纯善无缺之人，而恶性亦无自起，恶性既起，故不得不归咎于天魔；" 但这天魔是上帝所造抑或非上帝所造呢？若非上帝所造，则上帝就不是全知全能的；若是上帝所造，上帝既全知全能，" 何不造一不能违背命令之人，而必适此能违背命令之人。"
基督教又宣称上帝" 绝对无二" ，独立于万有之上，万有都是上帝所创造的。章太炎反驳道，创造必用" 质料" ，但此质料若存在于上帝自身之中，万有是从上帝身中自然流出，则谈不上创造；若此质料存在于上帝之外，与上帝并立，则上帝就非绝对无二。关于上帝为" 众生之父，" 章太炎说：" 父者，有人格之名" ，既有人格，就要有配偶才能生殖子女，若如此，上帝就不是绝对无二；若说上帝无需配偶便能生殖，则他就成了独父而生，但" 可以独父而生，此则单性生殖，为动物最下阶"。最后，章太炎指出：" 若万物必有作者，则作者亦更有作者，推而极之至于无穷。然则神造万物，亦必被造于他，他又被造于他，此因明所谓犯无穷过者。" 这样，有神论者就在逻辑上犯了" 循环论证" 的错误。" 以此断之，则无神可知已。" (以上均见《无神论》）
在批判有神论过程中，章太炎还批评了康德关于上帝有无问题超出人的认识范围之外、因而既不能肯定也不能否定的观点。他指出，一个东西的存在，不外通过感觉(" 见量")、内心省察(" 自证")和推理(" 比量")来证明，但是上帝既" 非由见量，亦非自证" 可知，而" 比量又不可合于论理" ，(《无神论》）因此它只能是个虚撰的概念，故与其说上帝超越认识范围之外，毋宁断言它是不存在的"。章太炎不仅尖锐批判了有神论，而且还探讨了宗教产生的根源，得出了与费尔巴哈关于" 不是上帝创造人，而是人创造了上帝"的观点相类似的结论，即认为宗教是人的" 血气心智" 的产物。(《訄书.原教下》）
作为身处社会巨变前夜的革命家和既熟悉中国传统文化又接触到西方新思潮的思想家，章太炎一方面极其注重人的能动性，希望能激励人们充分发挥这种能动作用以推翻封建专制制度，砸碎束缚思想的形形色色有神论的枷锁，实现自由、平等、民主的理想；另一方面对西方社会的现实异常失望，因而孜孜探求能纯净人们心灵、增进国民道德的理论武器。
章太炎把道德的颓废提到" 亡国灭种之根极" 和" 革命不成之原" (《革命之道德》）的高度来看待，因此十分重视振兴道德的方法或途径。他继承顾炎武的思想，认为要振兴道德，就必须做到" 知耻" (有廉耻）、" 重厚" (厚道而不轻浮）、" 耿介" (正直而不同于流俗）和" 必信" (信用）。这四条" 若能则而行之，率履不越，则所谓确固坚厉，重然诺、轻生死者，于是在乎。" (同上）与康德一样，章太炎强调道德出于意志自由：" 所以维持道德者，纯在依自，不在依他。" (《答铁铮》）主张人的德性" 自本吾隐爱之念以成，非有他律为之规定。" (同上）在他看来，美德的形成与信念(" 隐爱之念")密切相关，而信念则要靠宗教来培养。
由此，他提出了建立" 无神教" 的口号，认为" 若没有宗教，这道德必不能增进" (《演说录》）并认为佛教就是能满足上述要求的最可用的宗教。因为佛教" 最重平等" (《建立宗教论》），讲舍己救人，故与革命的理想相符。同时，佛教主张" 万法唯心" ，" 一切有形的色相，无形的法尘，总是幻见幻想，并非实有" (《演说录》），提倡" 依自不依他" ，富有自我牺牲精神，因此佛教是" 无神教" ，是激励人们蔑视一切权威、挣脱一切束缚的最有力的理论武器。这种理论武器在实践上能令人" 排除生死，旁若无人，布衣麻鞋，经行独往，上无政党猥贱之操，下作惴夫奋矜之气，以此揭橥，庶于中国前途有益。" (《答铁铮》）再有，佛教提倡" 普渡众生，头目脑髓，都可施舍与人" (《演说录》），最有利于去除畏死心，拜金心、奴隶心、屈退心、懦怯心、浮华心、猥贱心、诈伪心，所以对增进革命道德最为有益。鉴于此，他断言" 继起之宗教，必释教无疑" (《建立宗教论》），认为只要用佛教" 华严、法相二宗改良旧法" (同上），使其成为革命者的共同信仰，就能振奋革命精神，增进革命道德，实现革命的理想了。
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