真核生物域
真菌界
球囊菌门
球囊菌门（学名：Glomeromycota，AM fungi），又称聚合菌门、锈球菌门，是真菌界的一个门，目前约已发现400种物种。本门真菌可与陆生植物形成丛枝菌根（英语：arbuscular mycorrhizas），这种共生构造可协助植物吸收土壤中的无机盐，尤其是磷的吸收，并据信是早期植物能适应陆地环境的重要关键。超过八成的维管束植物都能与球囊菌产生共生关系，且在苔藓植物等没有真实根部构造的植物中亦有树状菌根，可见丛枝菌根在陆地生态系的重要性。
丛枝菌根原先称为囊丛枝内生菌根(vesicular-arbuscularmycorrhiza, VAM) ，因菌丝能在感染的根部皮层细胞内形分支的丛枝状体 (arbuscule) 以及在菌丝末端膨大形成囊泡(vesicle) 而得名，但近年来发现并非所有的丛枝菌根菌皆可于根内形成上述两种构造，因此已改称为丛枝菌 (arbuscular mycorrhiza, AM) 。 Gigaspora 和Scutellospora两属的丛枝菌根菌皆是将囊泡 (vesicle) 产生于根外土壤中。
菌丝膨大而形成，储存能量(lipid)，不是每种内生菌根菌都有，形成于细胞内或细胞间。
为高度分支的特化菌丝构造，会穿透细胞壁进入植物细胞，但不破坏细胞膜，提供代谢与养分的双向传递，所有内生菌根菌皆有，寿命短，形成后数天便分解。
为菌根菌主要的无性繁殖构造，具有一到多层壁，多个细胞核，可残存于土中数年，依其形成方式与壁层构造，做为内生菌根菌形态鉴定的主要依据。
聚合菌可构成陆生植物的丛枝菌根（英语：arbuscularmycorrhizas），也因此被称为“AM Fungi”(Arbuscular mycorrhiza)，可在植物的根中形成丛枝状体，作为养分的交换构造。许多证据显示在此共生关系中，聚合菌是绝对共生菌，须依赖植物合成的碳及能量才能生存，但有对某些物种的研究表明聚合菌可能可以单独存在。形成菌根的聚合菌广泛的分布在全世界的土壤中，和植物的根（或苔藓植物的假根）形成共生关系，它们也可以生存在盐度很高的沼泽中，和附生植物形成共生关系。土管菌（英语：Geosiphon pyriformis）则是少数不与植物形成菌根的聚合菌，而是与一种称为点形念珠藻（英语：Nostoc punctiforme）的蓝绿菌形成内共生关系，在此共生关系中，球囊菌形成多核的细胞，并将念珠藻属的蓝绿菌“吞入”。过去常以“Geosiphon pyrifome”称呼此内共生体，但现在这个名称只用来专指真菌，内共生体改以“Geosiphon symbiosis”称呼。聚合菌-念珠藻的共生关系是目前发现的唯一一种真菌和蓝绿菌的内共生关系，它不属于地衣，因为它们涉及细胞内的连结，且就结构与演化上的证据而言这种关系比较类似丛枝菌根。
在球囊菌-念珠藻共生关系中，还有一类功能不明、类似细菌的有机物（bacteria like organisms），由于这类有机物出现在球囊菌门的各分枝物种中，而被认为可能在演化的早期就已和聚合菌形成共生关系，并进一步演变成内共生。
在整个系统中，念珠藻可独立生存，所以球囊菌是义务性共生者，不过聚合菌除了与念珠藻形成丛枝菌根外，也可与植物形成树状菌根，这个说法尚未获得证实，但已有若干证据支持。
球囊菌门的菌丝体是多核的，通常采用无性生殖，在菌丝的末端产生直径约80~500微米的孢子（称为Glomerospores）。在某些情况中，孢子生成后会进一步形成球囊状的构造（saccule）。
早期对于球囊菌门的研究多半着重在其型态及土壤中、菌根内外孢子堆的构造 “球囊菌门”的概念最早是在原囊霉属（Acaulospora）及Gigaspora两个属被提出，并和接合菌门Endogonaceae下的Glomus属共同被提升为科，合为球囊霉目（属于接合菌门）。1998年Cavalier与Smith提出“球囊菌纲（Glomomycetes）”的概念，并将球囊霉目归入其中（仍属接合菌门）。后来经Schüßler对该目下部分物种小亚基rRNA（SSUrRNA）的分析发现球囊菌目可自组一个门，便将其由接合菌门移出，新成立“球囊菌门”，又因发现有能产生类似球囊霉目孢子的种类应该属于另一个更分歧的种系，而新增了类球囊霉目（Paraglomerales）、原囊霉目（Archaeosporales）与多孢囊霉目（Diversisporales）三个目，与念珠藻（Nostoc punctiforme）形成丛枝菌根的Geosiphon pyriformis即属于原囊霉目。
现在的分类即是透过分子生物学的分析，不断修正才定出的。对于本门物种的分类研究尚未完成，有待继续研究，例如有些研究认为Glomus属下的许多物种应被分到其他科或属比较合适。
有研究分析各种真菌rDNA的序列，发现球囊菌门在演化上是双核亚界的姊妹群。
球囊菌门的化石种包括生存于志留纪晚期至泥盆纪晚期的原杉藻。
球囊菌亚门（Glomeromycotina）
球囊菌纲（Glomeromycetes）
球囊霉目（Glomerales）
多样孢囊霉目（Diversisporales）
原囊霉纲（Archaeosporomycetes）
类球囊霉纲（Paraglomerales）
球囊霉目是球囊菌门(Glomeromycota)下的一个内共生真菌种类，能与植物共生，并在植物根中形成丛枝状体及囊泡。
此类真菌能和植物互利共生，并且以丛枝状体作为养分交换的媒介。能产生大的厚膜孢子(0.1-0.5mm)，内含有数千个核。
此类真菌原先被认为与内囊霉目( Endogonaceae)有关联 ，但借由分子定序的资料发现其实更接近双核亚界(Dikarya)。[3] 最早的化石纪录可追朔至奥陶纪(4.6亿年前)。
多样孢囊霉目（学名：Diversisporales）是球囊菌纲下的一个丛枝菌根菌的目。该目下物种通常在地面土壤以下生长，大部分会带有囊泡或者辅助细胞来储存能量。本类真菌具丛枝状体，但通常不产生囊泡，有些种类具有辅助细胞（auxiliary cell）。由于此类真菌的厚膜孢子非常多样，因此而得名。
下属科：
大孢子科（Gigasporaceae）
无柄孢子科（Acaulosporaceae）
和平孢子科（Pacisporaceae）
多型孢子菌科（Diversisporaceae）
大孢子科（Gigasporaceae）是多孢囊霉目下的其中一个属，该真菌能在植物的根中形成丛枝状体，是一种丛枝菌根菌，目前共分成有8属：葱状囊霉属 Bulbospora、盾孢囊霉属( Cetraspora)、齿盾囊霉属( Dentiscutata)、大孢子属( Gigaspora)、内饰孢囊霉属 (Intraornatospora)、类齿盾囊霉属 (Paradentiscutata)、裂盾囊霉属 (Racocetra)、盾巨孢囊霉属 (Scutellospora)。
无柄孢子科（学名：Acaulosporaceae），又称无梗孢子科，是多样孢囊霉目下的一个丛枝菌根真菌科，其科下物种分布广泛，并且会在根部形成丛枝菌根和囊泡。该科有2个属、31个物种。
无柄孢子属（Acaulospora）是一种内生菌根真菌，属于真菌界球囊霉目，广泛分布在全世界并且能在植物的根中形成丛枝菌根及囊泡，目前有48个种，其中19种系统发育位置不明确。
内养囊霉属（学名：Entrophospora），又可称为内柄生孢子属，是属于无柄孢子科的一个丛枝菌根菌属，其属下物种能与植物形成共生关系，并在植物的根中形成丛枝状体作为养分交换的构造。内养囊霉属的菌根菌大多较喜爱酸性土壤。Entrophospora的名称是来自希腊语的en（里面）、trophos（滋养）和spora（孢子）。
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