菌根真菌生活在活的植物根部，从植物根中获取必需的碳水化合物和其他的一些营养物质，但同时又向植物的根系提供植物生长所需的营养物质、酶类和水分，二者是一种相互有利的共生关系，实际上这种共生也可以认为是一种特殊的寄生现象，只是在程度上两者达到了高度的平衡。研究发现自然界中97%的植物都具有菌根。有菌根的植物是正常的，而没有菌根的植物则是异常 的。有些树木的根上如果没有足够的菌根，往往难以成活。许多兰科植物没有菌根不能正常地生长发育，甚至其种子没有菌根真菌的感染就不能正常发芽生长。
菌根真菌在自然界中广泛存在。能和大多数农作物、园艺作物、林木和牧草等植物共生，形成菌—根共生体(Vesicular-Arbuscular Mycorrhizae，VAM)，简称VA菌根或VAM。VA菌根对农作物具有多种有益作用，对改善农业生态环境也有重要意义。菌根有以下几点作用：
1、增大作物根系面积
菌根的作用主要是扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。菌根真菌菌丝体既向根周土壤扩展，又与寄主植物组织相通，一方面从寄主植物中吸收糖类等有机物质作为自己的营养，另一方面又从土壤中吸收养分、水分供给植物。而且在植物之间的碳，磷和氮的转移中也起着重要的作用。
2、提高作物抗性
菌根真菌还可以保护植物免受某些根系病原体的感染，改善植物与水的关系，增强植物的生长，增加植物对盐的耐受性。有相关研究报道，菌根真菌可以降低由根病原菌，细菌和线虫引起的疾病的严重程度。菌根真菌可以通过减少农民对化肥和农药的依赖和使用来改善国家及其农业的生态环境。可直接将其引入田间或间接通过苗圃生产菌根真菌感染的幼苗从而提高幼苗的成活率进而达到减少农药、化肥的使用。
3、提高作物产量
菌根真菌提高作物产量，特别是在贫瘠的土壤中，许多作物生长在酸性土壤中，在这些土壤中它们的生长常常受到低磷供应的限制。在这种情况下，适当的菌根真菌可以大大地增加通过增加植物的磷摄取来提高作物产量。除了磷吸收外，菌根真菌还可以增强相对移动的微量营养素，特别是锌和铜的吸收。菌根真菌可以介导磷，碳和氮在植物间的转移，当缺乏氮的土壤中有豆类和非豆类生长时，氮的流动通常发生在豆类与非豆类之间。在土壤中存在大量的菌根真菌，可用于苗圃和田间作为化学肥料和农药的替代品。
将菌根技术作为自然农法和有机农业新技术用于实际生产，可以防止由于化肥和农药使用导致的农业和林地环境进一步恶化，还可改善过度使用化学肥料，土壤侵蚀，盐度过高等一些不利因素。这项技术会节省用于生产化肥的资金和能源，也将助力我国的生态环境保护。
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