朱棣打败盛庸抢渡长江后，燕军又攻下镇江咽喉要地，直奔金陵杀来。当时，本来凤阳还有留守军队数万，但守将认为中都不能轻弃，死心眼固守中都。驸马梅殷在淮安也有数万兵，也因消息隔绝，不知所为。
建文帝朱允炆到了这个地步，惊惶忧郁，天天徘徊殿庭间。不久，他招方孝孺问计。方孝孺只是一大儒，兵事根本非其所长。他只能在朝班上抓住李景隆，说：“坏陛下事者，此贼也。”请建文帝下令杀掉他。群臣班中共冲出十八人，都咬牙切齿，愤怒之下，争相上去拳打脚踢，差点把李景隆当众打死。
把李景隆暴打一顿，火气稍消，方孝孺出主意说：“城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足。应把城外居民尽驱入城，并把城外木材全部抢运入城，使得燕兵无攻城之具，日久就会自行撤离。”
客观而言，方孝孺所说的有一定道理，固守南京，等待勤王之兵，然后里应外合，还有一战之力。毕竟当时朝廷手中还有两支重兵，而且距南京都不远，一支是驸马梅殷率领的，驻军淮安，另一支军队驻在凤阳。为了拖延时间，建文帝还采用了缓兵之计，朱允炆派遣兵部尚书茹瑺以及曹国公李景隆、都督同知王佐去燕军找朱棣议和。茹瑺等一看见燕王朱棣，立即伏地流汗，一句话也说不出来。朱棣说：“公等言即言耳，何惧至是。”过了很久，茹瑺等人才将皇帝割地议和的想法说出来。朱棣笑着说：“吾无罪而削为庶人，今救死，何以地为！且皇考封诸子，已各有分地矣。在议和失败后，建文帝就开始任命朝廷重臣防守南京各个城门。南京城是朱元璋历经二十多年建设的都城，规模宏大，由宫城、皇城、京城、外郭四重城墙组成。其中外郭有16座城门，周长达120里，内城有城门十三座，再加上20万守军，这套防御体系绝对是易守难攻的。原因是建文帝最信任、亲近的人背叛了他！一个就是李景隆，另一位是谷王朱橞。当时，负责防守金川门的是朱元璋第十九子谷王朱橞、曹国公李景隆。此门在“宝葫芦”形南京城墙的顶口，位于神策门和钟阜门之间，面对长江，最为冲要。李景隆曾奉命讨伐朱棣，结果屡战屡败、损兵折将，朝臣纷纷建议诛杀李景隆，结果建文帝没有追究责任，反而依然非常信任。谷王朱橞在靖难之役爆发时，也没有支持朱棣，而是来到了南京，向侄子表示忠心。不过随着战局的变化，两人的心思也发生变化。朱棣抵达南京后，建文帝曾先后派李景隆、朱橞去朱棣军中议和，大概那个时候，双方就有勾结。六月十三日，当朱橞、李景隆登城望见燕王的麾盖时，立即打开金川门城门迎接燕军入城，京师遂陷落。燕军进城后，二十万明军顿时失去斗志，几乎毫无抵抗，史称“金川门之变”。
自古以藩王身份造反成功的案例少之又少，最出名的就是朱棣的靖难之役。理论上说，朱棣的靖难是名不正言不顺，哪怕他找出太多的理由，也大多是欲盖弥彰，全天下都知道朱棣的狼子野心，却没有人敢于揭发。短短4年时间，朱棣就成功夺取皇位，朱允炆是正经的皇帝陛下，全天下都承认，而朱棣是个反叛者，为何建文帝就是打不过朱棣？朱棣为何能快速成功？俗话有云，一个好汉三个帮，朱棣是很牛，他出生在战火中，追随着名将的脚步，一步步成为最优秀的军事统帅，上马统军下马治国，这本事无人可比。但仍要有人扶持，才能成就大业，姚广孝就是朱棣手下头号智囊。在朱棣起兵之前，还是有所犹豫的，毕竟他是一国亲王，吃尽穿绝，要什么有什么，哪怕不造反这一生可以照样逍遥快活。这很容易理解，朱元璋在皇觉寺讨饭吃都不想造反，何况是朱棣。这一切来源于姚广孝的撺掇和怂恿，朱棣野心是有的，也曾徘徊过。朱棣担心民心所向，姚广孝却说：“臣知天道，何论民心。”我只知道天道，何必去管什么民心。建文元年，朱棣誓师起兵的时候，突然刮起大风，连带着屋檐瓦片掉落一地，朱棣一脸惊色，认为可能是不详的预兆。
