机长和船长一样，在飞行中拥有法律赋予的最高管理权限。《民用航空法》第46条规定，在飞行中遇到特殊情况时，为保证民用航空器及机上人员的安全，机长有权对民用航空器作出处置，即在事先没有计划安排的情况下，对飞行中的民用航空器进行诸如中断起飞、实施复飞、改变航向、迫降等特殊情况的处理。
在吵架、威胁、故障等意外情况发生后，当机长认为无法控制事态且无法确保安全时，可以采用返航、迫降等飞行方式来保证公众安全。例如，某航接到匿名电话威胁称，航班上装有炸弹，该机长当即决定驾驶飞机备降武汉机场；两位旅客在国际航班上斗殴，机长决定立即返航；某航班在起飞后不久发动机发生机械故障，机长备降广州白云机场。
同时，机长还享有治安管理权。根据《民用航空法》的规定，机长对飞行中任何破坏民用航空器、扰乱民用航空器内秩序、危害民用航空器所载人员和财产安全以及其他危害飞行安全的行为，有权采取必要的适当措施。例如，当机长认为某人在航空器上已犯或者行将犯罪、有危害航空安全的行为时，可对犯罪或违法 嫌疑人采取合理措施；对于危害航空器上良好秩序的违法嫌疑人，机长有权在民用航空器降落的任何国家的领土上令此人离开航空器。
航班上的“辱乘”言论既是一种对机组人员的人身侮辱行为，也是一种扰乱客舱秩序的行为。英国早在2001年就修订了旅客乘机条例 以打击“流氓旅客”，对机场工作人员态度粗暴无礼的旅客将被禁止登机，在飞机上对机组人员进行威胁、谩骂或使用暴力的旅客则将被赶下飞机。
无独有偶。2012年2月，一对亚洲夫妻乘坐美联航客机由美国关岛回国，登机后因为行李放置问题与空姐发生言语冲突，被视为扰乱客舱秩序，影响飞行安全，从而被赶下飞机。当然，即便是在长期将旅客视为上帝的国内航空公司运营的航班上，如果旅客的行为严重扰乱了客舱秩序，机长出于安全考虑也会 正常行使权力，作出拒载决定。
的其他权力还包括机组人员决定权、受委托转递外交邮袋、以航行日志作为运行证明和在特定空域内作为公司代表办事等。虽然在国际层面上，《东京公约》、《海牙公约》、《蒙特利尔公约》早就陆续赋予了机长这些权力，但关于机长权力的全球共识并非一开始就达成了，而是多次事故或空难的教训换来的，而且今天仍在被不断验证。当然，法律赋予机长权力的前提是确保航空安全。正因为机长肩负着机上数百人生命财产安全的重大责任，他才有权力对一切突发情况作出决策。
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