易基因表观技术｜植物简化基因组甲基化--（Plant-RRBS）

植物简化基因组甲基化--（Plant-RRBS）

DNA甲基化在植物基因组中以CG、CHG和CHH三种碱基序列的胞嘧啶上发生（H=A，T或C），甲基化转移酶包括DRM，CMT和MET等。在植物中，DNA胞嘧啶的甲基化会导致基因表达的改变和转座因子的失活，修饰状态的改变可能产生具有不同表型状态的表观等位基因。

全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）是植物甲基化检测金标准。RRBS在哺乳动物甲基化检测中广泛应用，但对植物基因组C碱基甲基化检测覆盖度极为有限。易基因研究团队创建的双酶切DRRBS（Plant-RRBS）被同行研究证明，对于大基因组或植物群体基因组甲基化的检测极为有效，胞嘧啶覆盖广泛。

技术优势

精确度高：在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率；

重复性好：多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%，适用于多样本间的差异分析；

性价比高：测序区域针对高CpG区域，数据利用率更高；

原创技术：双酶切DRRBS原创技术；发表BMC genomics；陶谦教授极力推荐。

技术开发

1、背景：基于RRBS位点覆盖缺陷性，研发更具代表性的简化基因组甲基化测序技术。

2、方法：通过几十种不同的限制性内切酶模拟评估，筛选MspI、ApekI和DpnII等酶切组合应用于动物、植物样本基因组甲基化检测，提高CG、CHG和CHH位点的覆盖度。

3、结论：双酶切RRBS可以显著提高哺乳动物基因组，特别是调控区域的CG位点覆盖度，对于MRD检测更加准确；Plant-RRBS对于植物基因组甲基化检测而言，与全基因组甲基化检测相比，可分析位点相当，但是测序深度更高。

参考文献

Junwen Wang, et al. Double restriction-enzyme digestion improves the coverage and accuracy of genome-wide CpG methylation profiling by reduced representation bisulfite sequencing, BMC Genomics. 2013 Jan 16;14:11.

Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS, a bisulfite and next-generation sequencing-based methylome profiling method enriching for coverage of cytosine positions, BMC Plant Biol. 2017 Jul 6;17(1):115.

Martin Schmidt, et al. Plant-RRBS: DNA Methylome Profiling Adjusted to Plant Genomes, Utilizing Efficient Endonuclease Combinations, for Multi-Sample Studies, Methods Mol Biol. 2020;2093:65-80.

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原文解读：

表观技术｜植物简化基因组甲基化--（Plant-RRBS）mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNTY3NDIxMw==&mid=2650649479&idx=1&sn=30bfb9c4f1b92b53ba9b3341de25ee18&chksm=8310160db4679f1bed057d350e0016abc14928163d9241fb3c1630adc9019c32e4b90859d150&token=96951744&lang=zh_CN#rd