美国联邦药物管理局（FDA）周一警告说，强生公司的疫苗，有可能导致一种罕见的神经系统自身免疫疾病。华盛顿邮报周一援引四位参与调查的消息人士的话报道：“尽管该机构强调该疫苗的好处远远超过可能的副作用的影响，而且风险非常低，但有少数吉兰巴雷综合症的病例与该疫苗的使用有关。”该制药公司在一份声明中证实，它正在与美国食品和药物管理局合作，以查明疫苗与该综合症的发展之间是否存在因果关系。
卫生部门已经发现这种药物与吉兰巴雷综合症之间存在联系，在这种情况下，免疫系统本身会攻击神经，导致肌肉无力，在某些情况下会导致瘫痪。根据美国疾病控制和预防中心（CDC——美国联邦公共卫生机构）发布的一份声明表示，它可以由急性细菌或病毒感染引起。
但这次在全国范围内注射了1280万剂强生公司的疫苗后，已经报告了100例病例，占总数的0.0007%。接种人群大约在两周以上，最长42天内就有病例报告，而且大多是50岁以上的病人。95％的发作是严重的，需要住院治疗；据美国食品和药物管理局称，一名患者死亡。迄今为止的记录显示，没有任何吉兰巴雷病例与在美国注射的3.21亿剂辉瑞-生物技术和Moderna的疫苗有关。 根据美国卫生当局的说法，吉兰巴雷综合症的通常发病率为每周60至120例，有由包括流感在内的病毒或细菌引起。该报说，每年有3000至6000名美国人患上这种疾病。大多数人完全恢复，但在某些情况下，特别是在50岁以后，肌肉后遗症仍然存在。
大约三分之二的受影响者在患病数天或数周后出现腹泻或肺部或窦部问题等症状。据研究资料显示，在接受强生公司疫苗的人中，患“吉兰巴雷病”的风险似乎比普通人高三到五倍。 这是美国食品和药物管理局对此疫苗的第13次警告，由于其单剂量的性质，似乎该疫苗备受推荐。去年4月，一些育龄妇女出现了血栓—其中一例死亡。之后，美国谨慎地暂停了对它的推广使用。在美国食品和药物管理局及疾病预防控制中心进行彻底调查后，又恢复了使用该药物的疫苗接种。 同月，美国的疫苗生产商Emergent
BioSolutions的巴尔的摩工厂被迫关闭，因为它发现数百万剂量的疫苗被阿斯利康的疫苗污染，该疫苗也是在那里生产的。大约7500万剂强生公司的产品被扔进了垃圾桶，而仍有4000万剂被认为适合用于接种疫苗。拜登政府将阿斯利康药物的生产转移到其他生产线，并将巴尔的摩工厂的唯一控制权交给了强生公司，尽管该制药商尚未获得恢复生产的授权。
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