曹锟未做总统时，当然是个威风凛凛的人物，而跨入新华宫不久，就开始尝到了以前历届总统所尝到的各种苦味，如兵不能裁、督不能废、军饷无法应付、财政无从整理等等。他不但不能统一全国，而且不能统一直系内部。他的号令莫说不能行之于奉、皖各系和西南军阀所占领的区域内，就是在直系范围下的各省，也都有格格不入之势。北洋派元老王士珍看了这些情况，曾经意味深长地叹息着说：“如果要害人，最好是请他当总统”。曹自己也向手下人大发牢骚：“你们一定要捧我上台，却是叫我来活受罪”！
在直系诸将论功行赏的问题上，曹锟也尝到了左右做人难的苦处。他的两个不成材的兄弟，曹锐想回任直隶省长，曹锳想升任直隶督军，直隶省议会却要求北京政府裁撤直鲁豫巡阅使、直隶督军两职。十月二十一日，曹锟任命贿选中立过大功的王承斌为直隶军务督理。但直鲁豫巡阅使的问题一时难于解决。这个地位肯定地应由直系首屈一指的大将吴佩孚来继承，可是吴已经成为直系内部群起而攻的对象，津、保政客建议派吴为七省经略使，叫他移驻汉口，专管对付南方，不许过问北京政府的事情。吴是曹锟手中的一张王牌，不可能把他一脚踢开，因此十一月十一日仍然任为直鲁豫巡阅使，同日任命齐燮元为苏皖赣巡阅使，萧耀南为两湖巡阅使，王承斌兼任直鲁豫巡阅副使。十四日又提升王怀庆、冯玉祥、王承斌、齐燮元、萧耀南、阎锡山六人为上将军。这样一来，全国纷纷议论，在曹锟自己所颁布的“宪法”上，并无巡阅使这一官制，而在一天之内发表三、四个巡阅使，显然是一种违反宪法的行为。上将军以前只有寥寥可数的几个人，而在一天之内发表六个上将军，于是上将军也成为“关内侯、滥羊头”了。
吴佩孚自命为曹锟的长子，言外大有“父亲年老，长子当权”之意。可是众家兄弟都讨厌这个大权独揽、目无余子的“大哥”，因此这一家子经常发生争吵不和的事情。当时直系外部有反对直系的“三角同盟”，而直系内部也有冯玉祥、王承斌、齐燮元结合起来以反对吴佩孚为目的的“三角同盟”。这个同盟大大加速了直系势力的衰退和灭亡。
直奉战争时期，冯玉祥立过大功，吴佩孚却存有猜忌之心，把他从河南调开，给他一个没有地盘和有职无权的陆军检阅使名义，冯如何受得了！后来北京政府改任冯为西北边防督办，却又受到新疆督军杨增新的反对，而陕、甘两省的情况也很复杂，这仍然是个有名无实的空衔，冯迄未就职。曹锟上台后，打算给他一个地盘，也因阻力重重没有办到。吴、冯两人曾经结盟为兄弟，冯又与吴的亲家张绍曾结为亲家（都是一九二三年八、九月间的事情），但是这些关系不能弥补双方因争权夺利而引起的裂痕。一九二四年二月，曹锟想尽种种办法拉拢冯，因为除吴而外，冯的兵力在直系诸将中最为强大，吴、冯不和是直系内部的一个致命之伤。但是这些办法并未产生效果。
王承斌早已见疑于吴佩孚。由于他竭力拉拢津、保政客，并在贿选时期亲自扮演过劫车夺印这样一个可耻的角色，才取得了直隶督理的地位。但是，驻防榆关的第十五师师长彭寿莘、驻防芦台的第九师师长董政国都直接听命于“吴大帅”，而不把这位督理放在眼下。吴佩孚还想调王为河南督理以便就近加以监视。吴的重重压力使王受不了，曾经对客大发牢骚：“老马为主人效驰驱有年，现已不被信任，应当知难而退了”。又说：“我是奉天人，就疑心我通奉，然则总统和张作霖为儿女亲家，岂不也是通奉！”
齐燮元本不属于曹锟的直接系统，由于他报效过巨额军费和贿选经费，他所处的地位又很重要，也受曹锟的重视。前面说过，在江浙问题上他和吴佩孚有过一段不愉快的过程。随后他保荐陈调元为江西督军，曹锟又要请教吴，吴认为蔡成勋不宜撤换因而作罢。这件事情使齐大为不平，骂吴以直鲁豫巡阅使而干涉苏皖赣巡阅使的职权，真是太不讲理了。此外还有一件海军争端也牵涉到吴、齐两人的关系。驻粤海军舰队司令温树德投降北方后，十二月二十一日率领海圻、海琛、肇和、永翔、同安等舰驶赴青岛、烟台，他的部属强占烟台海军营地，引起海军总司令杜锡珪的不满。温投降北方前，吴许以不受海军总司令的节制，此时便保荐他为渤海舰队司令，直接隶属北京政府。这一事件又与杜的职权有关。以前川湘之役和直奉之役，杜率领海军奋勇助战，他埋怨吴不应当采取过河拆桥的手段，更反对其破坏海军系统的行为，因此忿而辞职。海军总司令部设在南京，齐的态度完全站在杜的一边，杜、温之争演进而为吴、齐之争，使曹锟难于处理。一九二四年三月二十二日，曹锟派温为渤海舰队司令，吴终于占了上风，这个问题在吴、齐两人的关系上也增加了一道黯淡的阴影。
吴调陕军胡景翼师进攻广东，胡不愿对南方作战，迟迟不肯开拔，引起吴的不满。一九二四年四月，胡到洛阳拜寿时，有人告以“大帅将以通奉的罪名把你扣留起来”，吓得胡仓皇逃往天津，并且通电解释误会。这件事后来虽无下文，但吴又多了一个暗中怀恨的敌人。
吴对自己的直属部下，更加像主人对待奴才一样，往往不为他们稍留余地。萧耀南做了湖北督军，所用秘书长和参谋长都被吴撤换掉，新派来的参谋长张联棻实际上是派来作监军的，当然不把督军放在眼下。一天，萧愁眉苦脸地对张说：“馥馨大哥：我名义上是督军，事实上你是我的大哥，一切事情你去作主好了，不必问我。”现在萧又上升为巡阅使了，可是吴以直鲁豫巡阅使而节制两湖巡阅使，一道道的命令连珠般发下来，把湖北当作个人私产，当作搜刮军饷和供给军火的基地。有时供应稍迟，吴就大发雷霆，要把肯听话的张福来调到湖北来，吓得萧亲自到洛阳谢罪，才得保全位置。
当时的督军等于一省的小皇帝。可是自从吴“虎踞”洛阳以来，“河南王”就变成了住在矮屋下的小媳妇儿了。赵倜、冯玉祥都因不甘心做小媳妇而被吴撵走。张福来做了多年的小媳妇，理应受得了，可是这位“婆婆”实在管得太严太紧，管得他透不过气来。一九二三年四月二十二日（农历三月初七日）为吴的五十诞辰，事前吴在报上登载谢寿启事，张福来觉得自己多年的老上司，近在咫尺之地，万无不去拜寿之理。当他到洛阳时，吴睁着一双怪眼问他前来做什么。他谨肃地回答说：“特来恭祝大帅千秋”。吴就声色俱厉地骂道：“你没有看见过我的启事？你有工夫来拜寿，为什么不抽出工夫来教管你的兄弟？你的兄弟比赵三麻子有什么两样？”当时有很多人在座，骂得这位堂堂督理汗流浃背，无地自容。他退下来找到吴的参谋长李济臣痛哭流涕地说：“大帅不给我留一点面子，我不能再干下去了。”
吴又派参谋长李济臣兼任河南省长和河南军务帮办等职，并将省长公署迁到洛阳，因此开封督理公署成为一座空无所有的冷庙，坐在冷庙里的“河南王”成为一个无人供奉香火的菩萨。这样的口子张福来实在过不下去了，一九二四年二月十七日以贺年为名，跑到北京哭诉于曹锟之前，说他实在干不下去，愿意辞职下台。曹锟着实安慰一番，答应打电报叫吴佩孚仍将省长公署迁回开封。从这件事情看起来，一个跟随多年的百依百顺的奴才，尚且受到这样冷酷的待遇，大将军的威风可想而知。
吴佩孚屡次宣言“不干政”，他在洛阳只管练兵，作好统一全国的准备。可是他干起政来比任何一个军阀都厉害，一切用人行政不经过他点头就休想办得通。他不是什么直鲁豫巡阅使，而是高出一切的“太上政府”。他完全继承了他的前辈袁世凯、段祺瑞的军事专政地位和武力统一政策，但是所采取的专政形式有所不同：袁所采取的是总统制，段所采取的是内阁制，他所采取的却是以地方而遥控中央的巡阅使制。曹锟做总统前，曾经和他发生过关于权利地位的矛盾，现在却又回复了“你即是我，我即是你”的密切关系。这是当时的客观形势所决定的。因为当时直系“和奉”“和皖”的计划都失败了，看上去“反直同盟”的联合进攻最后是不可避免的，而吴在历年内战中享有“常胜将军”的盛名，直系的最大兵力也仍然掌握在他的手中。曹锟是个贪图个人享受的懒汉，需要有这样一个包打包唱的人替他撑持场面。因此，尽管津、保政客和直系诸将经常前来告状诉苦，也不能动摇他对吴的信任。这就是吴之所以形成“太上政府”的原因。
吴的咄咄逼人的态度，有时也加在曹锟的身上。他曾公开表示：“北京的空气太龌龊了，应当把总统府迁移到保定来，内阁、国会却可以留在北京不动”。一九二四年年初，他保荐高恩洪为胶澳商埠督办，高是曹锟深恶痛绝的一个人，心中大不痛快，他叫着吴的名字悻悻地说道：“吴佩孚，吴子玉，你保举别人都可以，保举这个人却办不到。”吴马上打来电报说：“我之信任高恩洪，犹元首之信任我也。”于是曹锟无话可说，于三月十八日乖乖地发表了任命高恩洪为胶澳商埠督办的命令。
一九二四年年初，吴提出所谓统一军权于中央的建议——各省巡阅使、督军一律不得兼任师长，所兼师长一职须由中央派人接任，各师均改归陆军部直辖。这对各省军阀说来，是从半空云里打下来的一个霹雳：这些军政大员所恃以保持其权力地位的，就是手中掌握的兵权，如果交出师长，就将成为赤手空拳的光杆。吴提出这个建议，正是要解除他们的兵权，以便加强中央的军事集权，而这个中央却又控制在吴的手里，实际上也就是要把各省兵权都交在他个人的手里。这个计划害得各省军阀像哑子吃黄连一样，心中暗暗叫苦，嘴里却说不出反对的理由来。当然，他们对于自己的利害得失是不会不动脑筋的，随后山东督理郑士琦、河南督理张福来都回答北京政府说，他们愿意不做督理而保留师长的地位。他们就是耍这个手法来反“将”北京政府一“军”的。但吴对这个计划志在必行，并且深得曹锟的赞同，因此北京政府先后下令解除萧耀南所兼第二十五师师长，以陈嘉谟继任；解除王承斌所兼第二十三师师长，以王维城继任（以上二月二十八日）；解除陆锦所兼第九师师长，以董政国调升（三月十日）；解除张福来所兼第二十四师师长，以杨清臣调升（三月二十日）；解除马联甲所兼安徽第一混成旅旅长，以张克瑶继任（四月二日）；解除郑士琦所兼第五师师长，以孙宗先继任（五月八日）。以上新任师长，除个别系由别处调升者外，大多是由本师的旅长提升起来的，因此各省军阀无法鼓动部下反对北京政府的命令。但是执行这个计划也不是没有遇到阻力的。吴佩孚自己是山东人，而又身为直鲁豫巡阅使，因此决定先从山东入手。由于郑士琦愿意舍督理而留师长，他就以巡阅使的身份召集第五师团长以上军官，轮流到洛阳“听训”，郑敢怒而不敢言。这批受训军官回到山东后，郑也召集他们训话一次，在训话中强调“安徽人必须团结起来，才不致受人宰割”（郑属于皖系，第五师官兵大多为安徽人），言下放声大哭。吴也害怕激成事变，原来决定调升靠拢自己的山东人潘鸿钧为第五师师长，临时改派第五师旅长孙宗先继任，而吴自己在山东设立巡阅使行署的计划，也就无形打消了。其次，第九师师长陆锦兼任陆军总长、公府军事处处长等职（只有陆锦一人不是督理），是曹锟身边的红人，吴费了很大气力才说服曹锟而把陆锦的师长兼职解除。再次，这个计划的主要目的，是将各师改归北京政府直辖，可以调来调去，这样才能改变各省军阀拥兵自卫的局势。可是在执行计划的时候，各省军阀坚决要求各该师仍须留驻本省并受本人的节制，这两个条件与部属的利益完全一致（部属可以成为督理的候补者），北京政府和吴佩孚只得让步，予以同意。其实，这个计划并不新奇，就是以前袁世凯采用过的拉下层、挤上层的老办法。后来蒋介石也正是采用这个办法来分化对手，以加强其统治力的。这个办法助长了各省军阀朝秦暮楚、“以下犯上”的风气，对于军事独裁者来说，实际上是“搬起石头打自己的脚”。
在更换师长的过程中，齐燮元所兼第六师师长、冯玉祥所兼第十一师师长，由于他们的态度非常坚决，北京政府只能置而不问。吴佩孚也不得不假惺惺地电请解除自己所兼的第三师师长。曹锟立刻打来回电，认为吴在洛阳练兵，情况有所不同，未便同案办理。其实，除第三师外，吴在洛阳还拥有学兵团、幼年兵团、讲武堂、军官讲习所、铁甲车队、炸弹队、飞行队等等，还有巩县兵工厂、汉阳兵工厂为其扩张武力的有力工具。他和袁世凯组织模范团、段祺瑞组织边防军一模一样，正在加紧训练子弟兵作为个人军事独裁的政治资本。这些做法，使各省直系军阀无不侧目而视，他的地位更孤立了。
北京政府一面夺去各省军阀所兼的师长职务，另一方面却又加派他们兼任省长，如马联甲兼任安徽省长、蔡成勋兼任江西省长、萧耀南兼任湖北省长等等。这比黎元洪时期所提倡的“军民分治”又大大倒退了一步。
这个时期，曹锟的耳根子里充满着控诉吴佩孚的声音。曹替吴解释说：“子玉就是好喝酒，容易动肝火，我要劝他少喝几杯黄汤。”
津、保政客一面采取“联奉制吴”的策略，一面还想捧齐燮元做副总统，让他压在吴的头上，而齐也就野心勃勃地想援引以前江苏督军冯国璋兼任副总统的前例，来达到一箭双雕的目的。副总统规定必须年满四十才能当选，他就在南京大做其四旬整寿，而他的年龄却只有三十九岁。他又发起在南京召开“巡检高级会议”，除吴（直鲁豫巡阅使）、齐（苏皖赣巡阅使）、萧（两湖巡阅使）、冯（陆军检阅使）而外，王承斌以直鲁豫巡阅副使的资格亦得参加。这个建议的目的，在于造成以多数压倒少数的局势，打破“大哥当家”的特权，让众家兄弟以平等资格共同管理“家务”。曹锟也赞成召开这样一个会议来统一直系内部，并要亲身参加，主张这个会议改在北京召开。但是，吴佩孚借口反对召集类似“督军团”的会议，表示不愿参加，因此会议没有开成。
由于吴佩孚恃有曹锟的支持，直系内部的“三角同盟”扳他不倒，于是一九二四年五月间，王承斌、冯玉祥、齐燮元先后提出辞职，想用“同盟罢工”的手段来扳倒吴。吴看见风色不对，也一度表示辞职，以平众怒。急得曹锟搓手踩脚地说：“好，要不干咱们大家都不干！”以上情况，说明直系不待外力进攻，本身已有分崩离析之势了。
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