速读 | miRNA生物信息学工具的发展趋势

MicroRNAs(MiRNAs)是一种通过识别同源序列和干扰转录、翻译或表观遗传过程来调控基因表达的小型非编码RNA。为miRNA研究开发的生物信息学工具包括用于miRNA预测和发现、结构、分析和目标预测的工具。可以预见，未来的miRNA生物信息学工具将具有以下特点：(1)针对新的miRNA知识，(2)分析高通量miRNA技术数据，(3)整合多水平组学数据，(4)重点研究人类疾病。本综述突出了miRNA生物信息学工具开发的趋势，这可能有助于指导和改进未来的活动和努力。

虽然不存在用于完整miRNA分析的全面工具，但可以从现有工具构建健壮的分析管道。一个通用的miRNA生物信息学分析工作流程见下图。

作者手动编制了95篇评论论文和∼1000 miRNA生物信息学工具，这些工具自2003年以来出版。根据引文数或PageRank评分对它们进行分类和排序，然后进行网络分析和文本挖掘(TM)，以研究miRNA工具的发展趋势。

可分为以下几个主要主题：miRNA识别、miRNA目标预测、miRNA调控网络、表达谱、特征(疾病或胁迫、生物标志物)关联、NGS工具、基于机器学习算法的工具和植物专用工具。

2005年以来回顾中提到的miRNA识别和miRNA目标预测的圆形图形。每个部门都载有每年发表的审查报告。每一列代表一篇评论论文，每个颜色不同的块都表示评审论文中的特定主题。

作者观察到五大发展趋势：

(1)miRNA识别和目标预测是近十年来的热点；

(2)手工管理和TM是收集文献中miRNA知识的主要方法；

(3)大多数早期工具得到了很好的维护和广泛应用；

(4）经典的机器学习方法保留了它们的实用性；然而，新的机器学习方法已经开始出现；

(5)与疾病相关的miRNA工具正在出现。作者的分析对miRNA工具的过去发展和未来方向有着重要的洞察力。