你还在为找不到课题方案而焦虑吗,复现一篇论文吧!
你还在为找不到研究思路而苦恼吗,复现一篇论文吧!
你还在为找不到数据方法而悔恨吗,复现一篇论文吧!
复现?怎么复现?先来看一下某乎的回答。
有道理有道理,感觉也不是很难的样子对不对,聪明的智商又重新占领高地了,此刻我就是华佗再世扁鹊附体,复现没在怕的,摩拳擦掌,跃跃欲试,开整!结果一顿操作猛如虎,代码也写了,夜也熬了,怎么和我想象中的不一样!!!emmm.......至少......我们曾经努力过。
且慢,贴心的小助理早就为大家想到了,今天分享的就是整合GEO数据挖掘的完整复现,跟着文章一步步走,他山之石可以攻玉,看看人家是怎样弄的,一不小心你也会了呢?
论文来源
文章目录
GSE7476数据下载到表达矩阵
GSE7476数据下载
getGEO包下载的探针注释文件不全,需要在GEO网站下载
筛选探针
分位数标准化预处理
分组
差异表达
表达矩阵
分组矩阵
差异表达矩阵
按照logFC排序
保存差异表达矩阵
火山图
热图,按p值从小到大筛选前100个差异基因( |logFC| > 1)
GSE7476数据下载到表达矩阵
01
差异表达
02
温馨提醒:想要代码的文本形式,可以联系小助理哦~
不会真的有人看一遍就会的吧!点击【写留言】
大家学会了吗?没学会的话,再重新......看一遍?
科研路漫其修远兮,吾将上下而求索,有烦恼苦闷或者有趣好玩的事情记得告诉小助理,希望陪伴您一起成长。
踌躇满志无限期
扬帆起航正当时
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