2020年三个版本的茶树染色体级别基因组

茶树染色体级别基因组今年一下子出现三篇，两篇MP（安农大，华南农大)，一篇HR （中茶所）。茶树品种材料全为中国种。

试了试文章中的链接，两个打不开网页，一个下载后里面竟然没数据。

大家可以试试，链接已经整理出来了，就在本文中（红色加粗字体）

链接：http://tpia.teaplant.org

链接：www.plantkingdomgdb.com/CSS-BY/

链接：https://github.com/JiedanChen/TeaGenomeData

下表是简单的三班基因组信息的比较：

	Xia et al. MP	Zhang et al. MP	Chen et al. HR
Assembly size (Gb)	2.94	2.92	3.2
N50 of contigs (kb)	600.46	625.11
N50 of scaffolds (Mb)		195.68	218.1
GC content (%)	38.25	38.24
Percentage of assembly  sequence anchored into 15 pseudo-chromosomes (%)	86.73	97.87	94.7
Number of genes	50525	40812	32311
Average gene length (bp)	4906	6263
Average exon length (bp)	245	251
Average exon number per gene	5.1	5.2
Average intron length (bp)	973	1168
Repeat sequence length (Gb)	2.55	2.165
Percentage of repeat sequences  (%)	87	74.13
品种	舒茶早	碧云	舒茶早

#以上数据均来自这三篇文章，如有疑问，可以去文章中查找。HR用的是PNAS上茶树基因组的基因信息进行的基因注释，所以基因注释的信息统计缺乏。

Xia et al.

Zhang et al.

Chen et al.