茶树染色体级别基因组今年一下子出现三篇,两篇MP(安农大,华南农大),一篇HR (中茶所)。茶树品种材料全为中国种。
试了试文章中的链接,两个打不开网页,一个下载后里面竟然没数据。
大家可以试试,链接已经整理出来了,就在本文中(红色加粗字体)
链接:http://tpia.teaplant.org
链接:www.plantkingdomgdb.com/CSS-BY/
链接:https://github.com/JiedanChen/TeaGenomeData
下表是简单的三班基因组信息的比较:
Xia et al. MP | Zhang et al. MP | Chen et al. HR | |
Assembly size (Gb) | 2.94 | 2.92 | 3.2 |
N50 of contigs (kb) | 600.46 | 625.11 | |
N50 of scaffolds (Mb) | 195.68 | 218.1 | |
GC content (%) | 38.25 | 38.24 | |
Percentage of assembly sequence anchored into 15 pseudo-chromosomes (%) | 86.73 | 97.87 | 94.7 |
Number of genes | 50525 | 40812 | 32311 |
Average gene length (bp) | 4906 | 6263 | |
Average exon length (bp) | 245 | 251 | |
Average exon number per gene | 5.1 | 5.2 | |
Average intron length (bp) | 973 | 1168 | |
Repeat sequence length (Gb) | 2.55 | 2.165 | |
Percentage of repeat sequences (%) | 87 | 74.13 | |
品种 | 舒茶早 | 碧云 | 舒茶早 |
#以上数据均来自这三篇文章,如有疑问,可以去文章中查找。HR用的是PNAS上茶树基因组的基因信息进行的基因注释,所以基因注释的信息统计缺乏。
Xia et al.
Zhang et al.
Chen et al.
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