只要不实验，一分也是爱

作者：Lucky King

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长链非编码RNA SNHG6可作为肝细胞癌潜在生物标志物

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长链非编码RNA（lncRNA）的表达改变可能参与癌症过程。通过对数据库中不同lncRNA表达的系统分析，试图找到肝细胞癌标志物，对HCC患者进行早期诊断。

看下Results：

LncRNA在恶性肝肿瘤中具有重要潜在作用

作者从 cBioPortal （http://www.cbioportal.org） 获取数据，检测其感兴趣的lncRNA，发现没有发生突变，但是在其中一个患者中发现67（67/189）个lncRNA的拷贝数发生了改变。Top6：其中CASC8、PCAT1、PVT1、CCAT1、FALEC、GAS5六种LncRNA基因拷贝数改变超过10％（Fig.1）；

373例HCC患者中，有60个lncRNAs表达模式发生了改变。原始数据来自cBioPortal，进行R分析（Fig.2）；

Top3：SNHG6、PVT1、GAS5是373个HCC样品中异常表达最高的lncRNA，分析由R统计软件完成，原始数据来自cBioPortal（Fig.3）；

选择了SNHG6、PVT1、GAS5进一步分析，因为其CNV（基因拷贝数变异）和RNA失调均高于其他lncRNA。

在189个lncRNA中，总体来看SNHG6的改变量最高，无论是在基因组水平还是转录水平。所以选择SNHG6作为主要对象。

在接下来的步骤中，称这些患者为“目标样本”。在该组中计算出，每对基因座不同遗传变异的共生情况（表1）。

SNHG6、PVT1、GAS5在肿瘤和正常组织之间差异表达

与正常对照组相比：SNHG6、PVT1、GAS5在肝细胞癌中显著上调（Fig.4）;

此外，oncomine证实了这些lncRNA在癌组织和正常组织之间的差异性表达（表2）。

SNHG6过表达是肝细胞癌患者生存率降低的新指标

肝细胞癌中，SNHG6过表达的病例，其生存期中位数降低至19.74个月，而其他病例则超过48.95个月（Fig.5a）。

根据年龄对样本进行分组（G1-2和G3-4分别为绿色和红色条）。虽然PVT1和GAS5的价值并不显著，但lncRNA与HCC临床病理参数的相关性研究表明，三种基因（SNHG6、PVT1、GAS5）在高年龄HCC样本中表达量显著高于低年龄组样本（Fig.5 b）；

SNHG6、PVT1、GAS5与人类其他癌症进展的关系

对这三种LncRNA，在不同肿瘤中的表达进行评估。主要从两个层面评价：一，在病人中出现的频率；二，它们之间的相关性。与PVT1和GAS5比较，SNHG6在这两个层面均比较好。因此，作者认为SNHG6是肝细胞癌潜在的生物标志物。而PVT1和GAS5可作为其他癌症标志物，如子宫肉瘤（Fig.6）。

SNHG6可能涉及核糖体的结构完整性以及翻译

通过共生分析，作者发现SNHG6和GAS5在目标样本（n=130）中具有共生的趋势，虽然不显著（表3）。

检测所有与SNHG6、GAS5共表达的基因，GO分析显示其中13个基因与核糖体结构完整性相关（表4）。

从cBioPortal得到的数据发现：35％（n=130）的目标样本中，至少有一种基因的表达发生了改变。在这些基因中，RPL8、TOP1MT、RPL30是top 3。

作者将SNHG6与其共表达的基因、高频相邻基因进行网络可视化，试图探究可能出现的相互作用方式，很可惜没能观察到SNHG6与这些基因之间存在任何相互作用。但是确定了大多数高度变化的基因位于SNHG6基因座附近的8q位置。

这种全面的计算机分析可以为下一步湿试验设计奠定基础。

上期文章中还有丁点儿试验，本期nothing。用别人的软件，筛选别人的数据，从一堆LncRNA中，得出一个作为HCC标志物。

分虽不高，但好歹也是SCI。孤，想每月一篇啊~