作者：米粒儿
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文献精读秋季班的分科室教学仍然在继续，课程分为肿瘤，神经，消化，骨科，心血管，内分泌6个科室，每周每个科室各更新一节视频课程，共持续四周。现在我们来回顾一下第二周课程主要内容吧。
肿瘤
中文题目：循环肿瘤DNA甲基化标志物可作为肝癌诊断和预后指标
主要内容：本文发表于2017年发表在Nature Materials上，影响因子超过39分，论文一经发表，被各大媒体和公众号转载和推送。文章聚焦在消化系统肿瘤，属于转化医学研究方向。研究工具为循环肿瘤细胞DNA甲基化标志物，研究目标对象为肝癌，研究目的为预后和诊断。
科学假说包括以下两方面：
（1）细胞游离DNA甲基化标志物在肝癌与非肝癌、肝癌不同治疗阶段、肝癌不同分期中表达不同；
（2）细胞游离DNA甲基化标志物可作为肝癌诊断及预后的预测指标。
本讲Dylan对文章主要研究结果进行详解。并重点总结转化医学预测模型研究套路，包括确定研究对象，标志物筛选，统计学分析和预测模型建立四方面。
神经
中文题目：痒觉的中枢环路
主要内容：本文于2017年发表在Science上，主要关注“痒”这一生活中常见的生活现象。皮肤病、糖尿病、肝病等患者经常出现瘙痒症状。长期的搔抓可导致严重的皮肤和组织损伤，还可引起睡眠障碍，影响患者的生活质量。而痒的机制尚不清楚，致使针对慢性痒治疗的药物开发严重滞后。
因此痒的机制，痒觉信息如何从脊髓传递到大脑是本领域研究热点。本文在前期研究基础上，提出如下科学假设：臂旁核在痒觉信息处理过程中被激活；脊髓水平的GRPR阳性神经元可能通过与一类直接投射到臂旁核的神经元形成了突触联系，从而间接的将痒觉信息传递到大脑。本讲中水果青年老师对以上科学假设论证过程进行细致讲解，总结主要研究结果，并提炼研究套路。
消化
中文题目：小肠上皮Sirt1通过改变肠道菌群调节小鼠肠炎水平
主要内容：本文于2017年发表在Gastroenterology上，文章关键词包括因子Sirt1，疾病肠炎以及二者连接媒介肠道菌群。本文着眼于蛋白翻译后乙酰化修饰领域，其中主变量Sitr1是重要的组蛋白去乙酰化酶，其在中枢神经，心脏，肝脏中作用已有报道，但是在肠道中发挥何种作用仍未知。
本研究发现Sirt1参与了肠炎发生、发展的调控；敲除Sirt1通过改变肠道菌群诱发肠炎。文章答题思路如下：
（1）关联性研究，发现疾病样本中Sirt1水平降低；
（2）生理表型研究，敲除Sirt1导致肠炎加剧；
（3）病理表型，DSS造模后敲除Sirt1导致肠炎加剧；
（4）机制与热点结合，探讨肠道菌群的调控机制。
本讲中，错错老师将对以上研究内容做细致讲解，并总结研究套路。
骨科
中文题目：缺氧敏感性COMMD1整合人类巨噬细胞信号和细胞代谢，并抑制破骨发生
主要内容：这是一篇发表于Immunity（IF=22.8）的文章，文章聚焦在破骨发生这一表型。在常氧下，RANK识别受体后激活相关通路，促进破骨基因转录，从而诱导破骨发生。作者发现缺氧条件下，也可以促进破骨发生，然而机制与常氧条件下有差异，其主要原因有二：炎症状况和细胞代谢。
那么具体机制是什么？作者利用RNA-seq筛选到在缺氧条件下与破骨发生相关的基因COMMD1，紧接着利用细胞模型、动物模型及临床疾病数据进行功能验证，最后结合生信数据分析与实验验证进行COMMD1相关信号通路富集探究与机制确认。小Z老师将本文研究思路概括为发现表型—体内外验证—深层机制挖掘三大模块，并为大家仔细解读文章结果，总结研究套路。
心血管
中文题目：单细胞核RNA二代测序发现调节心肌相关去分化和细胞周期的lincRNA
主要内容：本文发表在Nature Communication上，关注心肌细胞再生问题。众所周知，成年心肌细胞再生速度极低，而极小部分成年心肌细胞在低氧条件下保持再增殖能力。那么我们能否利用应激条件下的心肌细胞的表达组学异质性（heterogeneity）发现一部分亚群，同样也保持类似的增殖能力？
作者首先通过单细胞核RNA测序揭示心肌细胞异质化特征，接着对测序结果进行具体分型，发现lincRNA是表达分析网络中的节点基因，最后应用RNA荧光原位杂交确认lincRNA在心肌细胞分析中的结果并对典型lincRNA调控作用进行实验验证。
本文是一篇典型的“干湿实验”结合的论文。由全面的生信分析找出目标基因，并采用分子生物学实验生信分析结果进行验证，是目前较为流行的研究套路。本讲中Kevin老师将对上述内容进行细致讲解，总结研究结果，提炼研究思路。
内分泌
中文题目：减重手术与加强药物治疗糖尿病的5年疗效比较
主要内容：本文是一篇糖尿病治疗临床实验相关文章，发表在The New England Journal of Medicine（IF2016=72.405）。本文作者来自克林弗兰医学中心减肥与代谢研究所，作者发现肥胖是发展糖耐量异常与二型糖尿病的主要危险因素，于是设计了外科手术加药物治疗消除糖尿病（STAMPEDE）实验研究，意义在于观察外科手术加药物治疗对比单纯性药物治疗糖尿病的疗效。
本文是一个单中心、前瞻性队列研究，首先筛选150名入组病人，然后分为三组（药物治疗组、药物+胃旁路术治疗组、药物+胃袖状切除术组），设定主要终点为糖化血红蛋白≤6.0%。馒头老师将本文分为描述入组患者基本情况、各种因素对糖尿病患者临床研究终点的影响、相关症状的分析、不良反应事件的报告这四个部分来深入讲解，并总结出临床实验研究套路。
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