鳃霉与水霉、绵霉、丝囊霉同属水霉科，在水生动物中常见的为血鳃霉和穿移鳃霉。菌丝纤细、无横隔、有分支、弯曲，寄生的部位和鱼种不同，大小有差异，在草鱼上较粗，在其他鱼上较细。注意和黑色素进行区分，黑色素杂乱无章，有许多分枝，像蜘蛛，而真菌像树枝状，有主杆，有分枝，分枝较少。菌丝内孢子很多，成熟的孢子呈球形，菌丝直径6-25um。

黑色素

黑色素

真菌

在鱼病诊断中，通过肉眼可进行初步判断，真菌引起的鳃霉鳃丝肿胀，表面有很多粘液，而黑色素引起的大多只是鳃丝发黑，主要集中在鳃丝基部。

真菌引起的鳃丝肿胀

黑色素

在用药上，戊二醛和苯扎溴氨、水杨酸都有一定作用，但往往不能彻底。最新鱼病研究认为，真菌通过染色，可以发现其在肌肉内的长度远大于在体外通过显微镜所看到的，所以内服效果更好，可用水霉快克，按每公斤鱼0.2克拌料内服，连用3-5天。同时要解决鳃霉的根本原因，那就是有机质过多，结合改底和调水。比如用拜尔的拜生源改底，用芽孢原粉分解有机质，也可以用硫酸氢钾片氧化部有机质，如解毒底净宝。