鱼鳃的第二个特点：既是呼吸的器官，也是排泄的器官。不同的鱼，所处的环境不同，呼吸方式也有差异。例如不同鱼的血红蛋白的载氧能力都是有差异的，冷水性鱼类要求溶氧高，是由于其血红蛋白对氧的亲和力低，而暖水鱼类则相反。
说到鱼的呼吸，可以拿人的呼吸作一对比。空气中氧的含量是约20%，相当于一升空气中有200毫升氧。而与之相应的，一个标准大气压下，一升饱和的水中含氧量却只有10毫升左右。人呼吸空气是回转式的，对空气中氧的利用率在24%左右。而水体中氧的含量低，鱼要呼吸到足够的氧，会采用呼入水体与排出水体呈现出直线的方法，且真骨鱼类的水流与血流方向还呈现出相反，加上 鳃的各种增加表面积的方法，最后可达到能吸收水体中48-80%的溶解氧。
昨天我们说了10厘米长的鲫鱼，其鳃的表面积可达17平方厘米，说明鲫鱼对水体溶氧的利用率高。所以它赖低氧，而且越是鳃的吸氧表面积越大，那这种鱼的活跃性就越高。
同时，鳃也是排泄的器官，在鱼体内氧化过程中产生的二氧化碳，需要经过鳃排出体外，不仅是二氧化碳，包括鱼类代谢中产生的一些含氮废物，也是主要通过鳃 排出。好多鱼类还长有伪鳃，目的在于通过碳酸酐酶加速分碳酸，使之变成二氧化碳及水，促进二氧化碳的排泄。在真骨鱼类鳃小片的基部，泌氯细胞还能从水中吸收无机盐，以补充体内盐分不足。
